1.
Bhattarai, Nisha ; Buck, Matthias ✉
Recent breakthroughs in understanding the allosteric features of Ras GTPases and their effector and regulatory protein interactions, enabling drug design
CURRENT OPINION IN STRUCTURAL BIOLOGY 96 Paper: 103183 , 9 p. (2025)
DOI WoS
Közlemény:36676170 Egyeztetett Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[36676170] [Egyeztetett]
2.
Nussinov, R.
Pioneer in Molecular Biology: Conformational Ensembles in Molecular Recognition, Allostery, and Cell Function
JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 437 : 11 Paper: 169044 (2025)
DOI WoS Scopus PubMed
Közlemény:36093299 Egyeztetett Idéző Folyóiratcikk (Összefoglaló cikk ) Tudományos
Összefoglaló cikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[36093299] [Egyeztetett]
3.
Gu, Xue ; Zhang, Yalong ; Long, Dong ✉
Conserved allosteric perturbation of the GTPase domains by region 1 of Ras hypervariable regions
BIOPHYSICAL JOURNAL 123 : 7 pp. 839-846. , 8 p. (2024)
DOI WoS Scopus PubMed
Közlemény:34988547 Egyeztetett Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[34988547] [Egyeztetett]
4.
Hu, Fangchen ; Wang, Yiqiu ; Zeng, Juan ; Deng, Xianming ✉ ; Xia, Fei ✉ ; Xu, Xin ✉
Unveiling the State Transition Mechanisms of Ras Proteins through Enhanced Sampling and QM/MM Simulations
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 128 : 6 pp. 1418-1427. , 10 p. (2024)
DOI WoS Scopus PubMed
Közlemény:34931192 Egyeztetett Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[34931192] [Egyeztetett]
5.
Czigleczki, Janka ; de, Resende Lara Pedro Tulio ; Dudas, Balint ; Jang, Hyunbum ; Perahia, David ; Nussinov, Ruth ; Balog, Erika ✉
Small GTPase Ran: Depicting the nucleotide-specific conformational landscape of the functionally important C-terminus
FRONTIERS IN MOLECULAR BIOSCIENCES 10 Paper: 1111574 , 9 p. (2023)
DOI WoS Scopus PubMed
Közlemény:33588589 Egyeztetett Forrás Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Nyilvános idéző összesen: 2 | Független: 2 | Függő: 0 | Nem jelölt: 0 | WoS jelölt: 2 | Scopus jelölt: 1 | WoS/Scopus jelölt: 2 | DOI jelölt: 2
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[33588589] [Egyeztetett]
Nyilvános idéző összesen: 2, Független: 2, Függő: 0, Nem jelölt: 0
6.
Dudas, B. ; Decleves, X. ; Cisternino, S. ; Perahia, D. ✉ ; Miteva, M.A.
ABCG2/BCRP transport mechanism revealed through kinetically excited targeted molecular dynamics simulations
COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL 20 pp. 4195-4205. , 11 p. (2022)
DOI WoS Scopus PubMed
Közlemény:33084626 Admin láttamozott Forrás Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Nyilvános idéző összesen: 9 | Független: 6 | Függő: 3 | Nem jelölt: 0 | WoS jelölt: 9 | Scopus jelölt: 8 | WoS/Scopus jelölt: 9 | DOI jelölt: 9 (Nem nyilvános: 1)
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[33084626] [Admin láttamozott]
Nyilvános idéző összesen: 9, Független: 6, Függő: 3, Nem jelölt: 0
7.
Kaynak, Burak T. ; Krieger, James M.* ; Dudas, Balint* ; Dahmani, Zakaria L. ; Costa, Mauricio G. S. ; Balog, Erika ; Scott, Ana Ligia ; Doruker, Pemra ; Perahia, David ✉ ; Bahar, Ivet ✉
Sampling of Protein Conformational Space Using Hybrid Simulations: A Critical Assessment of Recent Methods
FRONTIERS IN MOLECULAR BIOSCIENCES 9 Paper: 832847 , 19 p. (2022)
DOI WoS Scopus PubMed
Közlemény:32652857 Nyilvános Forrás Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Nyilvános idéző összesen: 23 | Független: 14 | Függő: 9 | Nem jelölt: 0 | WoS jelölt: 23 | Scopus jelölt: 16 | WoS/Scopus jelölt: 23 | DOI jelölt: 23 (Nem nyilvános: 1)
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[32652857] [Nyilvános]
Nyilvános idéző összesen: 23, Független: 14, Függő: 9, Nem jelölt: 0
8.
Ngo, V.A. ; Garcia, A.E. ✉
Millisecond molecular dynamics simulations of KRas-dimer formation and interfaces
BIOPHYSICAL JOURNAL 121 : 19 pp. 3730-3744. , 15 p. (2022)
DOI WoS Scopus PubMed
Közlemény:33266016 Nyilvános Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[33266016] [Nyilvános]
9.
Zeng, J. ; Chen, J. ; Xia, F. ✉ ; Cui, Q. ; Deng, X. ✉ ; Xu, X. ✉
Identification of functional substates of KRas during GTP hydrolysis with enhanced sampling simulations
PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS 24 : 13 pp. 7653-7665. , 13 p. (2022)
DOI WoS Scopus PubMed
Közlemény:32871352 Egyeztetett Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[32871352] [Egyeztetett]
10.
Zhang, H. ; Ni, D. ; Fan, J. ; Li, M. ; Zhang, J. ; Hua, C. ✉ ; Nussinov, R. ✉ ; Lu, S. ✉
Markov State Models and Molecular Dynamics Simulations Reveal the Conformational Transition of the Intrinsically Disordered Hypervariable Region of K-Ras4B to the Ordered Conformation
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING 62 : 17 pp. 4222-4231. , 10 p. (2022)
DOI WoS Scopus PubMed
Közlemény:33266012 Nyilvános Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[33266012] [Nyilvános]
11.
Abdelkarim, H. ; Leschinsky, N. ; Jang, H. ; Banerjee, A. ; Nussinov, R. ; Gaponenko, V. ✉
The dynamic nature of the K-Ras/calmodulin complex can be altered by oncogenic mutations
CURRENT OPINION IN STRUCTURAL BIOLOGY 71 pp. 164-170. , 7 p. (2021)
DOI WoS Scopus PubMed
Közlemény:33266019 Nyilvános Idéző Folyóiratcikk (Összefoglaló cikk ) Tudományos
Összefoglaló cikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[33266019] [Nyilvános]
12.
Dudas, B. ; Toth, D.* ; Perahia, D. ; Nicot, A.B. ; Balog, E. ✉ ; Miteva, M.A. ✉
Insights into the substrate binding mechanism of SULT1A1 through molecular dynamics with excited normal modes simulations
SCIENTIFIC REPORTS 11 : 1 Paper: 13129 , 13 p. (2021)
DOI WoS Scopus PubMed
Közlemény:32099885 Egyeztetett Forrás Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Nyilvános idéző összesen: 18 | Független: 9 | Függő: 9 | Nem jelölt: 0 | WoS jelölt: 18 | Scopus jelölt: 15 | WoS/Scopus jelölt: 18 | DOI jelölt: 18
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[32099885] [Egyeztetett]
Nyilvános idéző összesen: 18, Független: 9, Függő: 9, Nem jelölt: 0
13.
Dudas, B. ; Perahia, D. ; Balog, E. ✉
Revealing the activation mechanism of autoinhibited RalF by integrated simulation and experimental approaches
SCIENTIFIC REPORTS 11 : 1 Paper: 10059 , 10 p. (2021)
DOI WoS Scopus PubMed
Közlemény:32039624 Egyeztetett Forrás Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Nyilvános idéző összesen: 14 | Független: 9 | Függő: 5 | Nem jelölt: 0 | WoS jelölt: 14 | Scopus jelölt: 13 | WoS/Scopus jelölt: 14 | DOI jelölt: 14 (Nem nyilvános: 1)
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[32039624] [Egyeztetett]
Nyilvános idéző összesen: 14, Független: 9, Függő: 5, Nem jelölt: 0
14.
Haspel, N. ; Jang, H. ; Nussinov, R. ✉
Active and Inactive Cdc42 Differ in Their Insert Region Conformational Dynamics
BIOPHYSICAL JOURNAL 120 : 2 pp. 306-318. , 13 p. (2021)
DOI WoS Scopus PubMed
Közlemény:31951830 Egyeztetett Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[31951830] [Egyeztetett]
2026-02-10 03:45