1.
Chen, Zhili ; Jiang, Yongxin ; Cui, Jiazhen ; Li, Wannan ; Han, Weiwei ; Liu, Gang
Elucidating the Mechanism of VVTT Infection Through Machine Learning and Transcriptome Analysis
INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES 26 : 3 p. 1203 (2025)
DOI WoS Egyéb URL
Közlemény:35735292 Egyeztetett Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[35735292] [Egyeztetett]
2.
Song, Junwei ; Lin, Li-an ; Tang, Chao ; Chen, Chuan ; Yang, Qingxin ; Zhang, Dan ; Zhao, Yuancun ; Wei, Han-cheng ; Linghu, Kepan ; Xu, Zijie et al.
DEMINERS enables clinical metagenomics and comparative transcriptomic analysis by increasing throughput and accuracy of nanopore direct RNA sequencing
GENOME BIOLOGY 26 : 1 Paper: 76 (2025)
DOI Egyéb URL
Közlemény:36068212 Nyilvános Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[36068212] [Nyilvános]
3.
Torma, Gábor ; Dörmő, Ákos* ; Fülöp, Ádám ; Tombácz, Dóra ; Mizik, Máté ; Pretory, Amanda M. ; Lee, See-Chi ; Toth, Zsolt ; Boldogkői, Zsolt ✉
Long-read transcriptomics of caviid gammaherpesvirus 1: compiling a comprehensive RNA atlas
MSYSTEMS 10 : 3 Paper: e0167824 , 19 p. (2025)
DOI WoS Scopus PubMed Egyéb URL SZTE Publicatio
Közlemény:35793900 Egyeztetett Forrás Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[35793900] [Egyeztetett]
4.
Alejandro, Matía ✉ ; Frank, McCarthy ; Hunter, Woosley ; Vincent, Turon-Lagot ; Sebastian, W. Platzer ; Jonathan, Liu ; María, M. Lorenzo ; Michael, Borja ; Kavya, Shetty ; Juliane, Winkler et al.
Spatio-temporal analysis of Vaccinia virus infection and host response dynamics using single-cell transcriptomics and proteomics pp. 1-30. , 30 p. (2024)
Preprint DOI
Közlemény:34547606 Admin láttamozott Idéző Egyéb (Csak repozitóriumban hozzáférhető közlemény ) Tudományos
Csak repozitóriumban hozzáférhető közlemény (Egyéb) | Tudományos[34547606] [Admin láttamozott]
5.
Nagy, Gergely Ármin ; Tombácz, Dóra* ; Prazsák, István ; Csabai, Zsolt ; Dörmő, Ákos ; Gulyás, Gábor ; Kemenesi, Gábor ; Tóth, Gábor E. ; Holoubek, Jiří ; Růžek, Daniel et al.
Exploring the transcriptomic profile of human monkeypox virus via CAGE and native RNA sequencing approaches
MSPHERE 9 : 9 Paper: e00356-24 , 22 p. (2024)
DOI WoS Scopus PubMed Egyéb URL Teljes dokumentum SZTE Publicatio
Zárolt Közlemény:35201514 Egyeztetett Forrás Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[35201514] [Egyeztetett]
6.
Wu, Changcheng ; Zhang, Zhongxian ; Li, Zhaoqing ; Li, Ruorui ; Huo, Shuting ; Li, Han ; Lu, Roujian ; Tian, Houwen ; Wang, Wenling ; Zhao, Li et al.
Vaccinia virus Tiantan strain blocks host antiviral innate immunity and programmed cell death by disrupting gene expression
BIOSAFETY AND HEALTH 2024 pp. 1-23. , 23 p. (2024)
DOI Egyéb URL
Közlemény:35180910 Nyilvános Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[35180910] [Nyilvános]
7.
Kakuk, Balázs ; Dörmő, Ákos* ; Csabai, Zsolt ; Kemenesi, Gábor ; Holoubek, Jiří ; Růžek, Daniel ; Prazsák, István ; Dani, Virág Éva ; Dénes, Béla ; Torma, Gábor et al.
In-depth Temporal Transcriptome Profiling of Monkeypox and Host Cells using Nanopore Sequencing
SCIENTIFIC DATA 10 : 1 Paper: 262 , 12 p. (2023)
DOI WoS Scopus PubMed SZTE Publicatio
Zárolt Közlemény:33809377 Egyeztetett Forrás Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Nyilvános idéző összesen: 8 | Független: 7 | Függő: 1 | Nem jelölt: 0 | WoS jelölt: 6 | Scopus jelölt: 6 | WoS/Scopus jelölt: 6 | DOI jelölt: 7
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[33809377] [Egyeztetett]
Nyilvános idéző összesen: 8, Független: 7, Függő: 1, Nem jelölt: 0
8.
Rhodes, Johanna
Microbial Genetics in Mycology
In: Rezaei, Nima (szerk.) Encyclopedia of Infection and Immunity
Amsterdam, Hollandia : Elsevier (2022) pp. 462-473. , 12 p.
DOI Scopus Egyéb URL
Közlemény:34032879 Egyeztetett Idéző Könyvrészlet (Könyvfejezet ) Tudományos
Könyvfejezet (Könyvrészlet) | Tudományos[34032879] [Egyeztetett]
9.
Tombácz, Dóra ; Kakuk, Balázs* ; Torma, Gábor ; Csabai, Zsolt ; Gulyás, Gábor ; Tamás, Vivien ; Zádori, Zoltán ; Jefferson, Victoria A. ; Meyer, Florencia ; Boldogkői, Zsolt ✉
In-Depth Temporal Transcriptome Profiling of an Alphaherpesvirus Using Nanopore Sequencing
VIRUSES 14 : 6 Paper: 1289 , 25 p. (2022)
DOI WoS Scopus PubMed Egyéb URL
Zárolt Közlemény:32889655 Nyilvános Forrás Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Nyilvános idéző összesen: 6 | Független: 2 | Függő: 4 | Nem jelölt: 0 | WoS jelölt: 6 | Scopus jelölt: 4 | WoS/Scopus jelölt: 6 | DOI jelölt: 6
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[32889655] [Nyilvános]
Nyilvános idéző összesen: 6, Független: 2, Függő: 4, Nem jelölt: 0
10.
Brancaccio, Rosario N. ; Robitaille, Alexis ; Dutta, Sankhadeep ; Rollison, Dana E. ; Tommasino, Massimo ; Gheit, Tarik
MinION nanopore sequencing and assembly of a complete human papillomavirus genome
JOURNAL OF VIROLOGICAL METHODS 294 Paper: 114180 , 11 p. (2021)
DOI WoS Scopus PubMed Egyéb URL
Közlemény:32035425 Admin láttamozott Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[32035425] [Admin láttamozott]
11.
Kakuk, Balázs ; Tombácz, Dóra* ; Balázs, Zsolt ; Moldován, Norbert ; Csabai, Zsolt ; Torma, Gábor ; Megyeri, Klára ; Snyder, Michael ; Boldogkői, Zsolt ✉
Combined nanopore and single-molecule real-time sequencing survey of human betaherpesvirus 5 transcriptome
SCIENTIFIC REPORTS 11 : 1 Paper: 14487 , 14 p. (2021)
DOI WoS Scopus PubMed SZTE Publicatio
Zárolt Közlemény:32109459 Egyeztetett Forrás Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Nyilvános idéző összesen: 9 | Független: 6 | Függő: 3 | Nem jelölt: 0 | WoS jelölt: 7 | Scopus jelölt: 7 | WoS/Scopus jelölt: 7 | DOI jelölt: 7
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[32109459] [Egyeztetett]
Nyilvános idéző összesen: 9, Független: 6, Függő: 3, Nem jelölt: 0
12.
Maróti, Zoltán ; Tombácz, Dóra* ; Moldován, Norbert* ; Torma, Gábor ; Jefferson, Victoria A. ; Csabai, Zsolt ; Gulyás, Gábor ; Dörmő, Ákos ; Boldogkői, Miklós ; Kalmár, Tibor et al.
Time course profiling of host cell response to herpesvirus infection using nanopore and synthetic long-read transcriptome sequencing
SCIENTIFIC REPORTS 11 : 1 Paper: 14219 , 11 p. (2021)
DOI WoS Scopus PubMed Egyéb URL SZTE Publicatio
Zárolt Közlemény:32109423 Egyeztetett Forrás Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Nyilvános idéző összesen: 6 | Független: 4 | Függő: 2 | Nem jelölt: 0 | WoS jelölt: 6 | Scopus jelölt: 5 | WoS/Scopus jelölt: 6 | DOI jelölt: 6
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[32109423] [Egyeztetett]
Nyilvános idéző összesen: 6, Független: 4, Függő: 2, Nem jelölt: 0
13.
Maróti, Zoltán ; Tombácz, Dóra* ; Prazsák, István ; Moldován, Norbert ; Csabai, Zsolt ; Torma, Gábor ; Balázs, Zsolt ; Kalmár, Tibor ; Dénes, Béla ; Snyder, Michael et al.
Time-course transcriptome analysis of host cell response to poxvirus infection using a dual long-read sequencing approach
BMC RESEARCH NOTES 14 : 1 Paper: 239 , 7 p. (2021)
DOI WoS Scopus PubMed Egyéb URL SZTE Publicatio
Zárolt Közlemény:32080152 Egyeztetett Forrás Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Nyilvános idéző összesen: 8 | Független: 4 | Függő: 4 | Nem jelölt: 0 | WoS jelölt: 5 | Scopus jelölt: 6 | WoS/Scopus jelölt: 7 | DOI jelölt: 7
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[32080152] [Egyeztetett]
Nyilvános idéző összesen: 8, Független: 4, Függő: 4, Nem jelölt: 0
14.
Saud, Zack ; Hitchings, Matthew D. ; Butt, Tariq M.
Nanopore sequencing and de novo assembly of a misidentified Camelpox vaccine reveals putative epigenetic modifications and alternate protein signal peptides
SCIENTIFIC REPORTS 11 : 1 Paper: 17758 , 13 p. (2021)
DOI Preprint DOI WoS Scopus Egyéb URL
Közlemény:32212502 Admin láttamozott Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[32212502] [Admin láttamozott]
15.
Tombácz, Dóra ; Moldován, Norbert ; Torma, Gábor ; Nagy, Tibor ; Hornyák, Ákos ; Csabai, Zsolt ; Gulyás, Gábor ; Boldogkői, Miklós ; Jefferson, Victoria A. ; Zádori, Zoltán et al.
Dynamic Transcriptome Sequencing of Bovine Alphaherpesvirus Type 1 and Host Cells Carried Out by a Multi-Technique Approach
FRONTIERS IN GENETICS 12 Paper: 619056 , 8 p. (2021)
DOI WoS DEA Scopus PubMed Egyéb URL SZTE Publicatio
Zárolt Közlemény:31989778 Egyeztetett Forrás Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Nyilvános idéző összesen: 5 | Független: 1 | Függő: 4 | Nem jelölt: 0 | WoS jelölt: 5 | Scopus jelölt: 5 | WoS/Scopus jelölt: 5 | DOI jelölt: 5
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[31989778] [Egyeztetett]
Nyilvános idéző összesen: 5, Független: 1, Függő: 4, Nem jelölt: 0
16.
Tombácz, Dóra ; Prazsák, István ; Torma, Gábor ; Csabai, Zsolt ; Balázs, Zsolt ; Moldován, Norbert ; Dénes, Béla ; Snyder, Michael ; Boldogkői, Zsolt ✉
Time-Course Transcriptome Profiling of a Poxvirus Using Long-Read Full-Length Assay
PATHOGENS 10 : 8 Paper: 919 , 17 p. (2021)
DOI WoS Scopus PubMed SZTE Publicatio
Zárolt Közlemény:32109464 Egyeztetett Forrás Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Nyilvános idéző összesen: 5 | Független: 2 | Függő: 3 | Nem jelölt: 0 | WoS jelölt: 4 | Scopus jelölt: 4 | WoS/Scopus jelölt: 4 | DOI jelölt: 4
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[32109464] [Egyeztetett]
Nyilvános idéző összesen: 5, Független: 2, Függő: 3, Nem jelölt: 0
17.
Torma, Gábor ; Tombácz, Dóra* ; Csabai, Zsolt ; Moldován, Norbert ; Mészáros, István ; Zádori, Zoltán ; Boldogkői, Zsolt ✉
Combined Short and Long-Read Sequencing Reveals a Complex Transcriptomic Architecture of African Swine Fever Virus
VIRUSES 13 : 4 Paper: 579 , 21 p. (2021)
DOI WoS Scopus PubMed Egyéb URL SZTE Publicatio
Zárolt Közlemény:31940598 Nyilvános Forrás Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Nyilvános idéző összesen: 18 | Független: 11 | Függő: 7 | Nem jelölt: 0 | WoS jelölt: 14 | Scopus jelölt: 11 | WoS/Scopus jelölt: 14 | DOI jelölt: 15
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[31940598] [Nyilvános]
Nyilvános idéző összesen: 18, Független: 11, Függő: 7, Nem jelölt: 0
18.
Depledge, Daniel P. ; Wilson, Angus C.
Using Direct RNA Nanopore Sequencing to Deconvolute Viral Transcriptomes
CURRENT PROTOCOLS IN MICROBIOLOGY 57 : 1 Paper: e99 (2020)
DOI Scopus PubMed Egyéb URL
Közlemény:31278798 Admin láttamozott Idéző Folyóiratcikk (Jelentés ) Tudományos
Jelentés (Folyóiratcikk) | Tudományos[31278798] [Admin láttamozott]
19.
Dóra, Tombácz ; Gábor, Torma ; Gábor, Gulyás ; Norbert, Moldován ; Michael, Snyder ; Zsolt, Boldogkői ✉
Meta-analytic approach for transcriptome profiling of herpes simplex virus type 1
SCIENTIFIC DATA 7 : 1 Paper: 223 , 11 p. (2020)
DOI WoS Scopus PubMed SZTE Publicatio
Zárolt Közlemény:31382457 Egyeztetett Forrás Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Nyilvános idéző összesen: 6 | Független: 0 | Függő: 6 | Nem jelölt: 0 | WoS jelölt: 6 | Scopus jelölt: 6 | WoS/Scopus jelölt: 6 | DOI jelölt: 6
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[31382457] [Egyeztetett]
Nyilvános idéző összesen: 6, Független: 0, Függő: 6, Nem jelölt: 0
20.
Furlan, Mattia ; Tanaka, Iris ; Leonardi, Tommaso ; de Pretis, Stefano ; Pelizzola, Mattia
Direct RNA Sequencing for the Study of Synthesis, Processing, and Degradation of Modified Transcripts
FRONTIERS IN GENETICS 11 Paper: 394 , 12 p. (2020)
DOI WoS Scopus Egyéb URL
Közlemény:31294181 Egyeztetett Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[31294181] [Egyeztetett]
21.
Moldován, Norbert ; Torma, Gábor ; Gulyás, Gábor ; Hornyák, Ákos ; Zádori, Zoltán ; Jefferson, Victoria A. ; Csabai, Zsolt ; Boldogkői, Miklós ; Tombácz, Dóra ; Meyer, Florencia et al.
Time-course profiling of bovine alphaherpesvirus 1.1 transcriptome using multiplatform sequencing
SCIENTIFIC REPORTS 10 : 1 Paper: 20496 , 14 p. (2020)
DOI WoS Scopus PubMed Egyéb URL SZTE Publicatio
Zárolt Közlemény:31672953 Nyilvános Forrás Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Nyilvános idéző összesen: 10 | Független: 0 | Függő: 10 | Nem jelölt: 0 | WoS jelölt: 9 | Scopus jelölt: 9 | WoS/Scopus jelölt: 9 | DOI jelölt: 9
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[31672953] [Nyilvános]
Nyilvános idéző összesen: 10, Független: 0, Függő: 10, Nem jelölt: 0
22.
Nam Nguyen, Quang ; Goudey, Sophie ; Segeral, Emmanuel ; Mohammad, Ammara ; Lemoine, Sophie ; Blugeon, Corinne ; Versapuech, Margaux ; Paillart, Jean-Christophe ; Berlioz-Torrent, Clarisse ; Emiliani, Stephane ✉ et al.
Dynamic nanopore long-read sequencing analysis of HIV-1 splicing events during the early steps of infection
RETROVIROLOGY 17 : 1 Paper: 25 , 24 p. (2020)
DOI WoS Scopus PubMed
Közlemény:31690728 Admin láttamozott Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[31690728] [Admin láttamozott]
23.
Rosario, Nicola Brancaccio
Novel strategies for the identification and full genomic characterization of unknown HPV types from human DNA samples 278 p.
Megjelenés/Fokozatszerzés éve: 2020
Repozitóriumban Teljes dokumentum
Közlemény:32054759 Egyeztetett Idéző Disszertáció (PhD ) Tudományos
PhD (Disszertáció) | Tudományos[32054759] [Egyeztetett]
24.
Tombácz, Dóra ; Prazsák, István* ; Csabai, Zsolt ; Moldován, Norbert ; Dénes, Béla ; Snyder, Michael ; Boldogkői, Zsolt ✉
Long-read assays shed new light on the transcriptome complexity of a viral pathogen.
SCIENTIFIC REPORTS 10 : 1 Paper: 13822 , 13 p. (2020)
DOI Preprint DOI WoS Scopus PubMed SZTE Publicatio
Zárolt Közlemény:31406099 Egyeztetett Forrás Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Nyilvános idéző összesen: 18 | Független: 8 | Függő: 10 | Nem jelölt: 0 | WoS jelölt: 15 | Scopus jelölt: 15 | WoS/Scopus jelölt: 15 | DOI jelölt: 15
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[31406099] [Egyeztetett]
Nyilvános idéző összesen: 18, Független: 8, Függő: 10, Nem jelölt: 0
25.
Boldogkői, Zsolt ✉ ; Moldován, Norbert ; Balázs, Zsolt ; Snyder, Michael ; Tombácz, Dóra
Long-Read Sequencing – A Powerful Tool in Viral Transcriptome Research
TRENDS IN MICROBIOLOGY 27 : 7 pp. 578-592. , 15 p. (2019)
DOI REAL WoS Scopus PubMed SZTE Publicatio
Zárolt Közlemény:30542295 Egyeztetett Forrás Idéző Folyóiratcikk (Összefoglaló cikk ) Tudományos
Nyilvános idéző összesen: 79 | Független: 58 | Függő: 21 | Nem jelölt: 0 | WoS jelölt: 60 | Scopus jelölt: 54 | WoS/Scopus jelölt: 61 | DOI jelölt: 67
Összefoglaló cikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[30542295] [Egyeztetett]
Nyilvános idéző összesen: 79, Független: 58, Függő: 21, Nem jelölt: 0
26.
Shabardina, Victoria ; Kischka, Tabea ; Manske, Felix ; Grundmann, Norbert ; Frith, Martin C ; Suzuki, Yutaka ; Makałowski, Wojciech
NanoPipe—a web server for nanopore MinION sequencing data analysis
GIGASCIENCE 8 : 2 Paper: giy169 , 8 p. (2019)
DOI WoS Scopus Egyéb URL
Közlemény:30594555 Egyeztetett Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[30594555] [Egyeztetett]
27.
Shim, Hyunjin
Futuristic Methods in Virus Genome Evolution Using the Third-Generation DNA Sequencing and Artificial Neural Networks
In: Sinnott, John T.; Menezes, Lynette J.; Somboonwit, Charurut; Chiappelli, Francesco; Kangueane, Pandjassarame; Balaji, Seetharaman; Shapshak, Paul (szerk.) Global Virology III: Virology in the 21st Century
Cham, Svájc : Springer Netherlands (2019) pp. 485-513. Paper: Chapter 17 , 29 p.
DOI Preprint DOI WoS Scopus Egyéb URL
Közlemény:30930920 Admin láttamozott Idéző Könyvrészlet (Könyvfejezet ) Tudományos
Könyvfejezet (Könyvrészlet) | Tudományos[30930920] [Admin láttamozott]
28.
Tombácz, Dóra ; Gábor, Torma ; Gábor, Gulyás ; Norbert, Moldován ; Michael, Snyder ; Zsolt, Boldogkői ✉
Demand for Multiplatform and Meta-analytic Approaches in Transcriptome Profiling Paper: 860312 , 8 p. (2019)
Preprint DOI Teljes dokumentum
Zárolt Közlemény:30943202 Egyeztetett Forrás Idéző Egyéb (Csak repozitóriumban hozzáférhető közlemény ) Tudományos
Csak repozitóriumban hozzáférhető közlemény (Egyéb) | Tudományos[30943202] [Egyeztetett]
29.
Tombácz, Dóra ; Norbert, Moldován ; Zsolt, Balázs ; Gábor, Gulyás ; Zsolt, Csabai ; Miklós, Boldogkői ; Michael, Snyder ; Zsolt, Boldogkői ✉
Multiple Long-read Sequencing Survey of Herpes Simplex Virus Dynamic Transcriptome
FRONTIERS IN GENETICS 10 Paper: 834 , 20 p. (2019)
DOI Preprint DOI WoS Scopus PubMed Teljes dokumentum SZTE Publicatio
Zárolt Közlemény:30792174 Egyeztetett Forrás Idéző Folyóiratcikk (Szakcikk ) Tudományos
Nyilvános idéző összesen: 37 | Független: 19 | Függő: 18 | Nem jelölt: 0 | WoS jelölt: 29 | Scopus jelölt: 29 | WoS/Scopus jelölt: 29 | DOI jelölt: 30
Szakcikk (Folyóiratcikk) | Tudományos[30792174] [Egyeztetett]
Nyilvános idéző összesen: 37, Független: 19, Függő: 18, Nem jelölt: 0
2025-06-14 06:35