TY - JOUR AU - Szaniszló, Szebasztián AU - Csámpai, Antal AU - Horváth, Dániel AU - Tomecz, Richárd AU - Farkas, Viktor AU - Perczel, András TI - Unveiling the Oxazolidine Character of Pseudoproline Derivatives by Automated Flow Peptide Chemistry JF - INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES J2 - INT J MOL SCI VL - 25 PY - 2024 IS - 8 SN - 1661-6596 DO - 10.3390/ijms25084150 UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/34781847 ID - 34781847 AB - Pseudoproline derivatives such as Thr(ΨPro)-OH are commonly used in peptide synthesis to reduce the likelihood of peptide aggregation and to prevent aspartimide (Asi) formation during the synthesis process. In this study, we investigate notable by-products such as aspartimide formation and an imine derivative of the Thr(ΨPro) moiety observed in flow peptide chemistry synthesis. To gain insight into the formation of these unexpected by-products, we design a series of experiments. Furthermore, we demonstrate the oxazolidine character of the pseudoproline moiety and provide plausible mechanisms for the two-way ring opening of oxazolidine leading to these by-products. In addition, we present evidence that Asi formation appears to be catalyzed by the presence of the pseudoproline moiety. These observed side reactions are attributed to elevated temperature and pressure; therefore, caution is advised when using ΨPro derivatives under such harsh conditions. In addition, we propose a solution whereby thermodynamically controlled Asi formation can be kinetically prevented. LA - English DB - MTMT ER - TY - PAT AU - Tímár, József AU - Hegedus, Balázs AU - Baranyi, Marcell AU - Molnár, Eszter AU - Tóvári, József AU - Randelovic, Ivan AU - Perczel, András AU - Keseru, György AU - Buday, László TI - Farnesyl-transferase inhibitors and kras inhibitors for treating kras mutant cancers PY - 2024 UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/34720994 ID - 34720994 AB - The invention relates to cancer biology, more specifically to the treatment of KRAS mutant cancers. A potent cancer therapy is provided by the combination of a farnesyl transferase inhibitor compound and a KRAS inhibitor compound. LA - English DB - MTMT ER - TY - JOUR AU - Perczel, András TI - Válogatás JF - MAGYAR KÉMIKUSOK LAPJA J2 - MAGY KEM LAP VL - 78 PY - 2023 IS - 12 SP - 383 EP - 384 PG - 2 SN - 0025-0163 UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/34728408 ID - 34728408 N1 - "Az MTA Kémiai Tudományok Osztálya által kiválasztott aktuális két publikáció közül az első amidok és észterek szelektív amino- és alkoxikarbonilezési reakciók révén történő előállításával foglalkozik. A másodikként ismertetett munkában pedig a szerzők különböző biomassza-eredetű hulladékokat felhasználva olyan értékes molekulákat állítottak elő, amelyekkel helyettesíthetők a jelenleg kőolajból előállított szerves vegyipari alapanyagok." LA - Hungarian DB - MTMT ER - TY - JOUR AU - Perczel, András TI - Válogatás JF - MAGYAR KÉMIKUSOK LAPJA J2 - MAGY KEM LAP VL - 78 PY - 2023 IS - 11 SP - 342 EP - 342 PG - 1 SN - 0025-0163 UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/34724949 ID - 34724949 N1 - "Az MTA Kémiai Tudományok Osztálya által kiválasztott aktuális két publikáció közül az első egy új CCMD- (Coupled Cluster Molecular Dynamics) eljárást mutat be, amely a gépi tanuláson és a lokális korrelációs módszereken alapul. A második közleményben a szerzőknek kvantummechanikai számításokkal sikerült felfedni a HHe+3 molekulakomplex esetében az atommagok nagymértékű delokalizációját." LA - Hungarian DB - MTMT ER - TY - JOUR AU - Perczel, András TI - Válogatás JF - MAGYAR KÉMIKUSOK LAPJA J2 - MAGY KEM LAP VL - 78 PY - 2023 IS - 10 SP - 312 EP - 312 PG - 1 SN - 0025-0163 UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/34722558 ID - 34722558 N1 - "Az MTA Kémiai Tudományok Osztálya által kiválasztott aktuális két publikáció közül az elsőben leírt eredmények segítenek megérteni az amiloidképződés molekuláris alapjait és azt, hogy miért vannak jótékony amiloidok az emberi szervezetben. A második közlemény egy természetes alapú oldószer kifejlesztésével és annak különböző reakciókban való felhasználásával foglalkozik." LA - Hungarian DB - MTMT ER - TY - JOUR AU - Perczel, András TI - Válogatás JF - MAGYAR KÉMIKUSOK LAPJA J2 - MAGY KEM LAP VL - 78 PY - 2023 IS - 9 SP - 277 EP - 277 PG - 1 SN - 0025-0163 UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/34714230 ID - 34714230 N1 - "Az MTA Kémiai Tudományok Osztálya által kiválasztott aktuális két publikáció közül az első a polipropilén/elasztomer/faliszt kompozitok vizsgálatával, a második pedig annak az összetett folyamatnak a feltárásával foglalkozik, hogy miként jutottak el az ősleves egyszerű molekulái a biológiai evolúcióig." LA - Hungarian DB - MTMT ER - TY - JOUR AU - Perczel, András TI - Válogatás JF - MAGYAR KÉMIKUSOK LAPJA J2 - MAGY KEM LAP VL - 78 PY - 2023 IS - 7-8 SP - 246 EP - 247 PG - 2 SN - 0025-0163 UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/34689781 ID - 34689781 N1 - "Az MTA Kémiai Tudományok Osztálya által kiválasztott aktuális három publikáció a potenciális gyógyszer-enantiomerek elválasztásával, a Nigériában gyűjtött Centrapalus pauciflorus vizsgálatával és a prosztatarák előrehaladásával összefüggésben levő szöveti minták szulfatált szénhidrát-szerkezeteinek vizsgálatával foglalkozik." LA - Hungarian DB - MTMT ER - TY - JOUR AU - Ferentzi, Kristóf AU - Nagy-Fazekas, Dóra AU - Farkas, Viktor AU - Perczel, András TI - Synthesis of small protein domains by automated flow chemistry JF - REACTION CHEMISTRY & ENGINEERING J2 - REACT CHEM ENG VL - 9 PY - 2023 IS - 1 SP - 58 EP - 69 PG - 12 SN - 2058-9883 DO - 10.1039/D3RE00324H UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/34398184 ID - 34398184 N1 - Hevesy György PhD School of Chemistry, Institute of Chemistry, Eötvös Loránd University, Pázmány Péter sétány. 1/A, Budapest, H-1117, Hungary Laboratory of Structural Chemistry and Biology, Institute of Chemistry, Eötvös Loránd University, Pázmány Péter sétány. 1/A, Budapest, H-1117, Hungary HUN-REN-ELTE Protein Modeling Research Group, Institute of Chemistry, Eötvös Loránd University, Pázmány Péter sétány. 1/A, Budapest, H-1117, Hungary Export Date: 2 April 2024 Correspondence Address: Perczel, A.; Laboratory of Structural Chemistry and Biology, Pázmány Péter sétány. 1/A, Hungary; email: perczel.andras@ttk.elte.hu AB - The most fundamental topological units of proteins are their autonomously folded domains. The rapid and reliable chemical synthesis of domains in the range of 5-10 kDa in size, remains a... LA - English DB - MTMT ER - TY - JOUR AU - Sturm, Ádám AU - Sharma, Himani AU - Bodnár, Ferenc AU - Aslam, Maryam AU - Kovács, Tibor AU - Németh, Ákos AU - Hotzi, Bernadette AU - Billes, Viktor András AU - Kovácsné Sigmond, Tímea Ilona AU - Tátrai, Kitti AU - Egyed, Balázs AU - Téglás-Huszár, Blanka AU - Schlosser, Gitta (Vácziné) AU - Charmpilas, Nikolaos AU - Ploumi, Christina AU - Perczel, András AU - Tavernarakis, Nektarios AU - Vellai, Tibor TI - N6-Methyladenine Progressively Accumulates in Mitochondrial DNA during Aging JF - INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES J2 - INT J MOL SCI VL - 24 PY - 2023 IS - 19 SN - 1661-6596 DO - 10.3390/ijms241914858 UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/34226053 ID - 34226053 N1 - Funding Agency and Grant Number: OTKA (Hungarian Scientific Research Fund); VEKOP [K132439]; National Research, Development and Innovation Fund of Hungary [VEKOP-2.3.2-16-2017-00014]; Hungarian Ministry for Innovation and Technology [2018-1.2.1-NKP-2018]; Hungarian Ministry of Human Capacities; ELKH/MTA-ELTE Genetics Research Group [1783-3/2018/FEKUTSRAT]; National Institutes of Health-Office of Research Infrastructure Programs [01062]; European Research Council [P40 OD010440]; European Commission Framework Programmes [ERC-GA695190]; Greek Ministry of Education Funding text: This work was supported by the grants OTKA (Hungarian Scientific Research Fund;K132439), VEKOP (VEKOP-2.3.2-16-2017-00014), HunProtExc (2018-1.2.1-NKP-2018, provided by the National Research, Development and Innovation Fund of Hungary) and Szint+ (ELTE Thematic Excellence Programme supported by the Hungarian Ministry for Innovation and Technology) to T.V. This work was completed within the framework of the ELTE Institutional Excellence Program(1783-3/2018/FEKUTSRAT) supported by the Hungarian Ministry of Human Capacities. A.S., B.H.,V.B. and T.V. were supported by the ELKH/MTA-ELTE Genetics Research Group (01062). Some C. elegans strains were provided by the Caenorhabditis Genetics Center (CGC), supported by the National Institutes of Health-Office of Research Infrastructure Programs (P40 OD010440). Work in N.T.'s laboratory is funded by grants from the European Research Council (Grant no.: ERC-GA695190,Acronym: MANNA), the European Commission Framework Programmes and the Greek Ministry of Education. AB - N6-methyladenine (6mA) in the DNA is a conserved epigenetic mark with various cellular, physiological and developmental functions. Although the presence of 6mA was discovered a few years ago in the nuclear genome of distantly related animal taxa and just recently in mammalian mitochondrial DNA (mtDNA), accumulating evidence at present seriously questions the presence of N6-adenine methylation in these genetic systems, attributing it to methodological errors. In this paper, we present a reliable, PCR-based method to determine accurately the relative 6mA levels in the mtDNA of Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster and dogs, and show that these levels gradually increase with age. Furthermore, daf-2(−)-mutant worms, which are defective for insulin/IGF-1 (insulin-like growth factor) signaling and live twice as long as the wild type, display a half rate at which 6mA progressively accumulates in the mtDNA as compared to normal values. Together, these results suggest a fundamental role for mtDNA N6-adenine methylation in aging and reveal an efficient diagnostic technique to determine age using DNA. LA - English DB - MTMT ER - TY - JOUR AU - Kelemen, Ádám András AU - Perczel, András AU - Horváth, Dániel AU - Jákli, Imre TI - Amide isomerization pathways: Electronic and structural background of protonation- and deprotonation-mediated cis-trans interconversions JF - JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS J2 - J CHEM PHYS VL - 159 PY - 2023 IS - 15 PG - 16 SN - 0021-9606 DO - 10.1063/5.0165772 UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/34199131 ID - 34199131 AB - The cis-trans isomerization of amide bonds leads to wide range of structural and functional changes in proteins and can easily be the rate-limiting step in folding. The trans isomer is thermodynamically more stable than the cis, nevertheless the cis form can play a role in biopolymers’ function. The molecular system of N-methylacetamide · 2H2O is complex enough to reveal energetics of the cis-trans isomerization at coupled cluster single-double and coupled cluster single–double and perturbative triple [CCSD(T)] levels of theory. The cis-trans isomerization cannot be oversimplified by a rotation along ω, since this rotation is coupled with the N-atom pyramidal inversion, requesting the introduction of a second dihedral angle “α.” Full f(ω,α) potential energy surfaces of the different amide protonation states, critical points and isomerization reaction paths were determined, and the barriers of the neutral, O-protonated and N-deprotonated amides were found too high to allow cis-trans interconversion at room temperature: ∼85, ∼140, and ∼110 kJ mol−1, respectively. For the N-protonated amide bond, the cis form (ω = 0°) is a maximum rather than a minimum, and each ω state is accessible for less than ∼10 kJ mol−1. Here we outline a cis-trans isomerization pathway with a previously undescribed low energy transition state, which suggests that the proton is transferred from the more favorable O- to the N-protonation site with the aid of nearby water molecules, allowing the trans → cis transition to occur at an energy cost of ≤11.6 kJ mol−1. Our results help to explain why isomerase enzymes operate via protonated amide bonds and how N-protonation of the peptide bond occurs via O-protonation. LA - English DB - MTMT ER -