@article{MTMT:35645194,
	title = {RASopátiák diagnosztikai és terápiás eszköztára},
	url = {https://m2.mtmt.hu/api/publication/35645194},
	author = {Botos, Péter Barnabás and Erhardt, Júlia and Jenei, Sámuel and Li, Luca Kamilla and Kovács, Sándor Dávid and Egyed, Bálint and Beniczky, Nikolett Jusztina and Erdélyi, Dániel and Müller, Judit and Brückner, Edit and Csóka, Monika and Szabó, Andrea and Környei, László and Bertalan, Rita and Kovács, Gábor and Vilmányi, Csaba and Garami, Miklós and Bödör, Csaba and Kovács, Árpád Ferenc},
	journal-iso = {MAGYAR ONKOLÓGIA},
	journal = {MAGYAR ONKOLÓGIA},
	volume = {68},
	unique-id = {35645194},
	issn = {0025-0244},
	abstract = {RASopathies are congenital diseases that manifest in childhood with symptoms and potential complications, typically associated with an elevated tumour predisposition risk. The heterogeneous symptoms involve mostly central nervous, cardiovascular, musculoskeletal systems and skin, and modified growth pattern. From molecular perspective, the function of a key protein involved in Ras signalling is impaired, leading to disrupted regulation of cell growth and division. It is crucial to uncover genetic history, analyse tumour and cardiac involvement pattern along four generation pedigree and depict minor anomaly pattern. Upon clinical suspicion a stepwise approach to molecular testing is recommended to confirm or rule out the specific RASopathy. Post-test genetic counselling should address potential complications, developmental and follow-up strategies in line with current guidelines. Cascade pedigree segregation analysis according to the inheritance pattern should be offered to family planning parents and potentially affected family members. In case of certain specific organ involvement or complications, targeted therapeutics are available, highlighting the importance of early diagnosis.},
	year = {2024},
	eissn = {2060-0399},
	pages = {313-323},
	orcid-numbers = {Egyed, Bálint/0000-0001-8783-9025; Beniczky, Nikolett Jusztina/0000-0001-9650-0541; Erdélyi, Dániel/0000-0001-5544-9209; Müller, Judit/0000-0002-0488-7759; Brückner, Edit/0000-0002-2140-3357; Csóka, Monika/0000-0003-4202-891X; Bertalan, Rita/0000-0003-4700-4167; Kovács, Gábor/0000-0001-9924-1645; Garami, Miklós/0000-0003-4298-2746; Bödör, Csaba/0000-0002-0729-692X; Kovács, Árpád Ferenc/0000-0002-7742-160X}
}

@article{MTMT:34801936,
	title = {Flow Cytometry-Based Assay to Detect Alpha Galactosidase Enzymatic Activity at the Cellular Level},
	url = {https://m2.mtmt.hu/api/publication/34801936},
	author = {Fekete, Nóra and Li, Luca Kamilla and Kozma, Gergely Tibor and Fekete, György and Pállinger, Éva and Kovács, Árpád Ferenc},
	doi = {10.3390/cells13080706},
	journal-iso = {CELLS-BASEL},
	journal = {CELLS},
	volume = {13},
	unique-id = {34801936},
	abstract = {Background: Fabry disease is a progressive, X chromosome-linked lysosomal storage disorder with multiple organ dysfunction. Due to the absence or reduced activity of alpha-galactosidase A (AGAL), glycosphingolipids, primarily globotriaosyl-ceramide (Gb3), concentrate in cells. In heterozygous women, symptomatology is heterogenous and currently routinely used fluorometry-based assays measuring mean activity mostly fail to uncover AGAL dysfunction. The aim was the development of a flow cytometry assay to measure AGAL activity in individual cells. Methods: Conventional and multispectral imaging flow cytometry was used to detect AGAL activity. Specificity was validated using the GLA knockout (KO) Jurkat cell line and AGAL inhibitor 1-deoxygalactonojirimycin. The GLA KO cell line was generated via CRISPR-Cas9-based transfection, validated with exome sequencing, gene expression and substrate accumulation. Results: Flow cytometric detection of specific AGAL activity is feasible with fluorescently labelled Gb3. In the case of Jurkat cells, a substrate concentration of 2.83 nmol/mL and 6 h of incubation are required. Quenching of the aspecific exofacial binding of Gb3 with 20% trypan blue solution is necessary for the specific detection of lysosomal substrate accumulation. Conclusion: A flow cytometry-based assay was developed for the quantitative detection of AGAL activity at the single-cell level, which may contribute to the diagnosis of Fabry patients.},
	year = {2024},
	eissn = {2073-4409},
	orcid-numbers = {Fekete, György/0000-0002-5312-2541; Pállinger, Éva/0000-0002-5789-0951; Kovács, Árpád Ferenc/0000-0002-7742-160X}
}

@misc{MTMT:34230618,
	title = {Single cell transcriptomics and immunomics reveals T cell dysfunction in long-COVID children},
	url = {https://m2.mtmt.hu/api/publication/34230618},
	author = {Kovács, Árpád Ferenc and Erhardt, Júlia and Németh, Ágnes and Fekete, Nóra and Ranyák, Márta and Abonyi, Tünde and Kovács, Sándor Dávid and Ruzsics, Dalma and Li, Luca Kamilla and Edit, Buzás and Pállinger, Éva and Kovács, Gábor},
	unique-id = {34230618},
	year = {2023},
	orcid-numbers = {Kovács, Árpád Ferenc/0000-0002-7742-160X; Németh, Ágnes/0000-0002-5846-7071; Pállinger, Éva/0000-0002-5789-0951; Kovács, Gábor/0000-0001-9924-1645}
}

@misc{MTMT:34177334,
	title = {Alfa-galaktozidáz egy-sejt szintű enzimaktivitás detektálásához GLA KO T-sejtes sejtvonal létrehozása és validálása},
	url = {https://m2.mtmt.hu/api/publication/34177334},
	author = {Li, Luca Kamilla and Fekete, Nóra and Kovács, Sándor Dávid and Ruzsics, Dalma and Erhardt, Júlia and Abonyi, Tünde and Nagy, Bence and Fekete, György and Pállinger, Éva and Kovács, Árpád Ferenc},
	unique-id = {34177334},
	abstract = {Bevezetés: A leggyakoribb lizoszomális tárolási betegségben, a Fabry-betegségben, a galaktozidáz
		alfa (GLA) gén által kódolt alfa-galaktozidáz (AGAL) enzim hiányzik vagy biológiai aktivitása kórosan
		módosult. A jelenleg diagnosztikában alkalmazott ELISA-alapú átlagos enzimaktivitás nők esetében
		igen korlátozottan alkalmazható.
		Célkitűzés: Új, egy-sejt szintű AGAL enzimaktivitás detektálására alkalmas áramlási citométeres esszé
		fejlesztéséhez szükséges Jurkat T-sejtes sejtvonalban célzott GLA génkiütött sejtvonal létrehozása.
		Anyag és módszer: A GLA 1. exonjára tervezett 3 irányító RNS (sgRNS) tervezését követően, Jurkat
		(E6.1 klón) T-sejtes sejtvonalban CRISPR-Cas9-alapú nukleofekcióval transzfektáltuk a sejteket. A
		hígításos-alapú egy-sejt klónozással létrehozott tiszta Jurkat GLA KO sejtvonal transzfekciós
		validálását DNS szinten teljes-exom szekvenálással, RNS szinten qPCR-rel, az enzimaktivitást pedig
		globotriaozil-ceramid szubsztrátfelhalmozódás elemzésével végeztük.
		Eredmények: A Jurkat sejtek fehérjeexpressziós vizsgálata alapján T-sejteknek megfelelő expressziós
		mintázatot azonosítottunk, valamint PCR-alapú módszerrel a mycoplazma fertőzést kizártuk. A sejtek
		közvetlen posztnukleofekciós transzfekciós hatékonysága 41,46%, míg a transzfektált sejtek viabilitása
		95% feletti volt. Az egy-sejt klónok expanzióját követően a kiválasztott GLA KO klón validálása DNS
		szinten a seq[GRCh38] NC_000023.11(NM_000169):g.101,407,776_101,407,812del megtörtént, illetve a
		fehérjét kódoló génekben szerkesztés nem történt. A klónban RNS szinten nem volt detektálható a
		GLA expressziója. Az enzimaktivitás mérés során jelentős intracelluláris szubsztrátfelhalmozódás volt
		megfigyelhető a Jurkat sejtekben.
		Diszkusszió: A nukleofekcióhoz tervezett gRNS specifitás ellenőrzésének céljából in silico off-target
		analízist végeztünk. Az off-target analízis során az 1-4 nukleotid részleges komplementaritási
		hasítóhelyeket elemeztük, de nem találtunk a génszerkesztett sejvonalban a célszekvencián kívüli
		eltérést.
		Következtetés: AGAL egy-sejt szintű enzimaktivitás fejlesztéséhez alkalmas Jurkat GLA KO sejtvonalat
		hoztunk létre, amelyet multiomikai vizsgálatokkal sikeresen validáltunk.
		Finanszírozás: Nemzeti Kutatási, Fejlesztési és Innovációs Hivatal OTKA PD138521
		Humán Genomért Alapítvány 2022/2023 kutatási pályázata},
	year = {2023},
	orcid-numbers = {Fekete, György/0000-0002-5312-2541; Pállinger, Éva/0000-0002-5789-0951; Kovács, Árpád Ferenc/0000-0002-7742-160X}
}

@misc{MTMT:34177327,
	title = {Egy-sejt transzkriptomikai és immunomikai T-sejt immundiszfunkció feltérképezése long-COVID-szindrómában},
	url = {https://m2.mtmt.hu/api/publication/34177327},
	author = {Erhardt, Júlia and Kovács, Árpád Ferenc and Németh, Ágnes and Ranyák, Márta and Fekete, Nóra and Li, Luca Kamilla and Kovács, Sándor Dávid and Abonyi, Tünde and Nagy, Bence and Fekete, György and Buzás, Edit Irén and Pállinger, Éva and Kovács, Gábor},
	unique-id = {34177327},
	abstract = {Bevezetés: a SARS-CoV-2 fertőzést követően, a gyermekek egy részében kialakuló long-COVIDszindróma jelentős életminőség érintettséggel társul. A T-sejtek az adaptív immunrendszer fő elemei,
		szervesen részt vesznek úgy a celluláris, mind a humorális immunitás kialakulásában, a virális
		fertőzések ellen kitüntetett szerepet játszanak.
		Célkitűzés: a long-COVID-szindróma tünetspektrumának szisztematikus felmérésre molekulárisan
		igazolt akut SARS-CoV-2 fertőzésen átesett gyermekek körében, valamint a T-sejt közvetített
		immundiszfunkció szerepének a vizsgálata szervi érintettség alapján.
		Anyag és módszer: A Semmelweis Egyetem Gyermekgyógyászati Klinikának Tűzoltó utcai long-Covid
		ambulanciáján 2021.08.01- 2023.06.01 között vizsgált pácienseket (N=250) tüneteik szerint
		osztályoztuk, a részletes T-sejt immunfenotipizáláshoz 30 főt vontunk be. A kontroll csoportból
		(N=54) életkorra korrigáltan 10 fő mintáját vizsgáltuk. A releváns klinikai adatok részletes
		feltérképezése mellett a T-sejt közvetített immunitás felmérése áramlási citometriával, egy-sejt szintű
		transzkriptomikával és immunomikával történt.
		Eredmények: A CD3+CD4+
		T-sejtek száma csökkent a long-COVID-szindrómás gyermekek körében
		(központi idegrendszeri és mellkasi tünetek 895 ± 268 sejt/µL vs. mellkasi tünetek 685 ± 232 vs.
		kontroll 1107 ± 573 sejt/µL csoport). A központi memória T-sejtek aránya (mellkasi 21,81 ± 12,37 vs.
		kontroll 11,15 ± 4,1% csoport) emelkedett, míg a szabályozó T-sejtek aránya csökkent (központi
		idegrendszeri és mellkasi 3,59 ± 3,23 vs. kontroll 9,35 ± 6,46% csoport). Az NSP3 epitóp specifikus
		SARS-CoV-2 specifikus T-sejtek aránya (mellkasi 5,26 ± 7,4% vs. kontroll 10,96 ± 5,9% csoport)
		csökkent, míg az S epitóp specifikus SARS-CoV-2 T-sejt arány (központi idegrendszeri és mellkasi 26,8
		± 12,8 % vs kontroll 17,7 ± 5,2% csoport) emelkedett long-COVID-szindrómában.
		Következtetés: Long-COVID-szindrómában szignifikánsan megváltozik a CD3+CD4+
		T-sejtek száma, a
		T-sejtek aránya is jellegzetesen módosul a tünetspektrum függvényében. Az eltérő SARS-CoV-2
		epitóp mintázat specifikus memória T-sejtek aránya a T-sejt immunitás diszfunkciójára utal. Előzetes
		eredményeink alapján a T-sejt közvetített immundiszfunkció valószínűsíthetően jelentős szerepet
		játszik a long-COVID-szindróma patomechanizmusában.},
	year = {2023},
	orcid-numbers = {Kovács, Árpád Ferenc/0000-0002-7742-160X; Németh, Ágnes/0000-0002-5846-7071; Fekete, György/0000-0002-5312-2541; Buzás, Edit Irén/0000-0002-3744-206X; Pállinger, Éva/0000-0002-5789-0951; Kovács, Gábor/0000-0001-9924-1645}
}

@misc{MTMT:34177319,
	title = {Az alfa galaktozidáz enzimaktivitás egy-sejt szintű mérése és a globotriaozil-ceramid felhalmozódás jelentőségének vizsgálata},
	url = {https://m2.mtmt.hu/api/publication/34177319},
	author = {Kovács, Árpád Ferenc and Li, Luca Kamilla and Fekete, Nóra and Kovács, Sándor Dávid and Erhardt, Júlia and Abonyi, Tünde and Nagy, Bence and Kozma, Gergő and Fekete, György and Pállinger, Éva},
	unique-id = {34177319},
	abstract = {Bevezetés: Fabry-betegség hátterében a galaktozidáz alfa (GLA) gén patogén variációi által kiváltott
		alfa-galaktozidáz (AGAL) hiányzó vagy kóros működése áll. A megfelelő enzimaktivitás hiányában,
		globotriaozil-ceramid (Gb3) halmozódik fel a sejtekben, lizoszomális diszfunkciót okozva. Ugyanakkor,
		a Fabry betegek jelentős részében szubklinikai krónikus gyulladás figyelhető meg.
		Célkitűzés: az AGAL aktivitás, a felhalmozódó szubsztrát következtében kialakuló lizoszomális
		diszfunkció és gyulladás multiomikai felmérése.
		Anyag és módszer: in vitro T-sejtes GLA KO sejtvonal alkalmazásával egy-sejt szintű AGAL
		enzimaktivitás és kóros szubsztrátfelmozódás felmérése áramlási citométerrel történt. A
		felhalmozódást képalkotó citométerrel validáltuk. Fabry betegek (N=15) szubsztrát-felhalmozódása
		limfocita altípus specifikusan intracelluláris és exofaciális relatív mennyisége került meghatározásra,
		további molekuláris és klinikai fenotípus adatok korrelációs elemzésével.
		Eredmények: Fluoreszcens szubsztrát relatív felhalmozódása 6 órás inkubációt követően a Jurkat
		sejtekben 1459 ± 9 MFI, a AGAL enzimspecifikusan blokkolt sejtekben 2168 ± 9 MFI, a Jurkat GLA KO
		sejtekben 2265 ± 56 MFI volt. Fabry betegek B-sejtjeiben (exofaciálisan 15,11 ± 8,25%, intracellulárisan
		53,24 ± 18,61%) és CD3+CD4+
		T-sejtjeiben (exofaciálisan 3,61 ± 1,69%, intracellulárisan 36,94 ±
		18,94%) detektálható a legnagyobb arányban a Gb3.
		Következtetés: Egy-sejt szintű enzimaktivitás detektálására alkalmas áramlási citométeres esszét
		fejlesztettünk, amely várhatóan alkalmazható lesz szűrővizsgálatként a Fabry-betegség gyanújának
		felmerülése esetén, férfi és nőbetegek esetében egyaránt. Előzetes eredményeink alapján a limfocita
		alcsoportok közül a CD19+ B-sejtekben és CD3+CD4+
		T-sejtekben észlelhető a legnagyobb szubsztrát
		felhalmozódás.
		Finanszírozás: Nemzeti Kutatási, Fejlesztési és Innovációs Hivatal OTKA PD138521
		Humán Genomért Alapítvány 2022/2023 kutatási pályázata},
	year = {2023},
	orcid-numbers = {Kovács, Árpád Ferenc/0000-0002-7742-160X; Fekete, György/0000-0002-5312-2541; Pállinger, Éva/0000-0002-5789-0951}
}