TY - CHAP AU - Paragi, Gábor AU - Szolomájer, János AU - Kupihár, Zoltán AU - Batta, Gyula AU - Kele, Zoltán AU - Pádár, Petra AU - Penke, Botond AU - Zijlstra, Hester AU - Fonseca Guerra, Célia AU - Bickelhaupt, F.M AU - Kovács, Lajos ED - Wolfgang, Fritzsche ED - Lea, Spindler TI - Guanine, xanthine and uric acid assemblies: comparative theoretical and experimental studies T2 - Guanine quartets: structure and application PB - Royal Society of Chemistry (RSC) CY - Cambridge SN - 9781849734608 PY - 2013 SP - 179 EP - 193 PG - 15 DO - 10.1039/9781849736954-00179 UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/2016537 ID - 2016537 AB - Proceeding from promising dimer calculations, tetramer and quadruplex assemblies of 9-methylxanthine and 9-methyluric acid have been investigated by quantum-chemical calculations. In the gas phase, the new structures are less stable than the guanine tetrad as a consequence of the absence of a cooperative effect in the former and its presence in the latter. The lack of cooperativity in the new structures can be only partly compensated by strong low-barrier hydrogen bonds (LBHB). Moreover, the new tetramers are positively charged and probably can exist only in the presence of ions. Similar calculations suggest that 3-methylxanthine (3MX) is a good candidate for tetrad and quadruplex structures and the existence of (3MX)n  cat+ aggregates (n = 4, 8; cat+ = NH4+, Na+, K+) has been experimentally observed in the gas phase through mass spectrometry (MS) measurements. Detailed NMR studies in solution have also verified that the „internal” H-bonds (N1H...O6) in the (3MX)4 structures must be stronger than the „external” H-bonds (N7H...O2). In general, we found that guanine quartets (G4) are still more strongly bound than xanthine quartets (X4), despite the fact that they have the same number of hydrogen bonds. This is due to a cooperativity effect in the former case, as follows from our computational analyses. This is true not only in the gas phase but also in telomere-like structures where the quartet coordinates to two sodium ions and this complex is stacked in between two other quartets. In aqueous solution and in the absence of stacking quartet partners, however, the cooperativity is quenched and G4 and X4 are equally strongly bound. LA - English DB - MTMT ER - TY - JOUR AU - Roy, S AU - Olesiak, M AU - Pádár, Petra AU - McCuen, H AU - Caruthers, MH TI - Reduction of metal ions by boranephosphonate DNA JF - ORGANIC & BIOMOLECULAR CHEMISTRY J2 - ORG BIOMOL CHEM VL - 10 PY - 2012 IS - 46 SP - 9130 EP - 9133 PG - 4 SN - 1477-0520 DO - 10.1039/c2ob26661j UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/2179966 ID - 2179966 AB - Oligodeoxyribonucleotides bearing boranephosphonate linkages (bpDNA) were shown to reduce a number of metal ions and form nanoparticles through a novel reaction pathway that leads to phosphate diesters or phosphate tri-esters in water or alcohols respectively. The synthetic utility of this reaction was further demonstrated through the synthesis of oligodeoxyribonucleotides containing phosphate triester linkages. This new reactivity also makes bpDNA promising for use in construction of DNA templated metallic nanostructures. LA - English DB - MTMT ER - TY - JOUR AU - Paragi, Gábor AU - Szolomájer, János AU - Batta, Gyula AU - Kele, Zoltán AU - Kupihár, Zoltán AU - Pádár, Petra AU - Célia, Fonseca Guerra AU - F., Matthias Bickelhaupt AU - Kovács, Lajos TI - Purinszármazékokból képződő szupramolekuláris rendszerek JF - MAGYAR KÉMIKUSOK LAPJA J2 - MAGY KEM LAP VL - 67 PY - 2012 IS - 3 SP - 88 EP - 89 PG - 2 SN - 0025-0163 UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/1840208 ID - 1840208 N1 - Teljes lapszám http://www.mkl.mke.org.hu/images/stories/downloads/2012/2012_3.pdf LA - Hungarian DB - MTMT ER - TY - GEN AU - Paragi, Gábor AU - Szolomájer, János AU - Batta, Gyula AU - Kele, Zoltán AU - Kupihár, Zoltán AU - Pádár, Petra AU - Fonseca Guerra, Célia AU - Bickelhaupt, FM AU - Kovács, Lajos TI - Purinszármazékokból képződő szupramolekuláris rendszerek PY - 2011 UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/1871837 ID - 1871837 N1 - Kezdő oldal: & Admin láttamozta: 0 Jelleg: Tudományos Rekord létrehozás dátuma: 2012-02-23 18:18:10 Törölt: 0 Tipus: Egyéb konferenciakötet Nyelv: Magyar Adatgazda: Kovács Lajos (Nukleinsavak) Forrás: kézi felvitel Forrás éve: 2012 Állapot: jóváhagyva Hozzáférés: 0 Cím: Bruckner-termi előadás Év: 2011 Város: Budapest Ország: Magyarország Befejező dátum: 2011-09-30 Kezdő dátum: 2011-09-30 LA - Hungarian DB - MTMT ER - TY - GEN AU - Paragi, Gábor AU - Szolomájer, János AU - Batta, Gyula AU - Fonseca Guerra, Célia AU - Bickelhaupt, FM AU - Kele, Zoltán AU - Pádár, Petra AU - Kupihár, Zoltán AU - Kovács, Lajos TI - A 3-metilxantin vegyület kvadruplex képző tulajdonságának számítógépes, preparatív és analitikai vizsgálata PY - 2011 UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/1871773 ID - 1871773 N1 - # Cikk azonosító vagy Kezdő oldal ismeretlen Admin láttamozta: 0 Jelleg: Tudományos Együttműködés: Hazai Rekord létrehozás dátuma: 2012-02-23 16:46:53 Törölt: 0 Tipus: Egyéb konferenciakötet Nyelv: Magyar Adatgazda: Kovács Lajos (Nukleinsavak) Forrás: kézi felvitel Forrás éve: 2012 Állapot: feldolgozás alatt Hozzáférés: 0 Cím: MTA Kemometria és Molekulamodellezés Munkabizottság Ülése Év: 2011 Város: Szeged Ország: Magyarország Befejező dátum: 2011-06-17 Kezdő dátum: 2011-06-16 LA - Hungarian DB - MTMT ER - TY - CONF AU - Szolomájer, János AU - Bánfi, Annamária AU - Paragi, Gábor AU - Kele, Zoltán AU - Pádár, Petra AU - Kupihár, Zoltán AU - Kovács, Lajos TI - 3-Substituted xanthines as promising candidates for tetrad formation: synthetic, analytical and computational studies T2 - 2nd International Training School on G-Quadruplexes PY - 2011 UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/1871765 ID - 1871765 LA - English DB - MTMT ER - TY - CONF AU - Bokros, Attila AU - Pádár, Petra AU - Szolomájer, János AU - Kupihár, Zoltán AU - Bánfi, Annamária AU - Varga, Nemere AU - Kovács, Lajos TI - The synthesis and glycosidase inhibitory evaluation of chiral polyhydroxycyclopenta[c]isoxazolidines T2 - XIVth Conference on Heterocycles in Bio-organic Chemistry PY - 2011 UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/1871761 ID - 1871761 LA - English DB - MTMT ER - TY - CONF AU - Bokros, Attila AU - Paragi, Gábor AU - Pádár, Petra AU - Szolomájer, János AU - Kovács, Lajos TI - Conformational analysis of carbohydrate-derived polyhydroxyheterocycles: computational and NMR studies T2 - Conformational Analysis of Carbohydrates and Protein/Carbohydrate Interactions (CAC-PCI) PY - 2011 UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/1871755 ID - 1871755 LA - English DB - MTMT ER - TY - CONF AU - Bokros, Attila AU - Paragi, Gábor AU - Pádár, Petra AU - Szolomájer, János AU - Bánfi, Annamária AU - Kovács, Lajos TI - The use of carbohydrate pool in the synthesis of chiral polyhydroxyheterocycles as potential glycosidase inhibitors T2 - Modern Synthetic Methods and Chiral Europe PY - 2011 UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/1871741 ID - 1871741 LA - English DB - MTMT ER - TY - JOUR AU - Bokros, Attila AU - Pádár, Petra AU - Szolomájer, János AU - Kupihár, Zoltán AU - Kele, Zoltán AU - Kovács, Lajos TI - Kémiai bemutatókísérletek VI. rész. Heves reakciók [1] JF - A KÉMIA TANÍTÁSA: MÓDSZERTANI FOLYÓIRAT J2 - A KÉMIA TANÍTÁSA VL - 19 PY - 2011 IS - 2 SP - 3 EP - 8 PG - 6 SN - 1216-7576 UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/1699861 ID - 1699861 LA - Hungarian DB - MTMT ER -