TY - JOUR AU - Képes, Zita AU - Arató, Viktória Zsófia AU - Csaba, Csikos AU - Eva, Hegedus AU - Regina, Esze AU - Nagy, Tamás AU - Jószai, István AU - Emri, Miklós AU - Kertész, István AU - Trencsényi, György TI - In Vivo Evaluation of Brain [18F]F-FDG Uptake Pattern Under Different Anaesthesia Protocols JF - IN VIVO J2 - IN VIVO PY - 2024 SN - 0258-851X UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/34495912 ID - 34495912 LA - English DB - MTMT ER - TY - JOUR AU - Linkner, Tamás Richárd AU - Ambrus, Viktor Attila AU - Kunkli, Balázs Tibor AU - Szojka, Zsófia Ilona AU - Kalló, Gergő AU - Csősz, Éva AU - Kumar, Ajneesh AU - Emri, Miklós AU - Tőzsér, József AU - Mahdi, Mohamed TI - Comparative Analysis of Differential Cellular Transcriptome and Proteome Regulation by HIV-1 and HIV-2 Pseudovirions in the Early Phase of Infection JF - INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES J2 - INT J MOL SCI VL - 25 PY - 2024 IS - 1 SN - 1661-6596 DO - 10.3390/ijms25010380 UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/34484514 ID - 34484514 AB - In spite of the similar structural and genomic organization of human immunodeficiency viruses type 1 and 2 (HIV-1 and HIV-2), striking differences exist between them in terms of replication dynamics and clinical manifestation of infection. Although the pathomechanism of HIV-1 infection is well characterized, relatively few data are available regarding HIV-2 viral replication and its interaction with host–cell proteins during the early phase of infection. We utilized proteo-transcriptomic analyses to determine differential genome expression and proteomic changes induced by transduction with HIV-1/2 pseudovirions during 8, 12 and 26 h time-points in HEK-293T cells. We show that alteration in the cellular milieu was indeed different between the two pseudovirions. The significantly higher number of genes altered by HIV-2 in the first two time-points suggests a more diverse yet subtle effect on the host cell, preparing the infected cell for integration and latency. On the other hand, GO analysis showed that, while HIV-1 induced cellular oxidative stress and had a greater effect on cellular metabolism, HIV-2 mostly affected genes involved in cell adhesion, extracellular matrix organization or cellular differentiation. Proteomics analysis revealed that HIV-2 significantly downregulated the expression of proteins involved in mRNA processing and translation. Meanwhile, HIV-1 influenced the cellular level of translation initiation factors and chaperones. Our study provides insight into the understudied replication cycle of HIV-2 and enriches our knowledge about the use of HIV-based lentiviral vectors in general. LA - English DB - MTMT ER - TY - BOOK AU - Csősz, Éva AU - Darula, Zsuzsanna AU - Drahos, László AU - Emri, Miklós AU - Hunyadi-Gulyás, Éva AU - Janáky, Tamás AU - Juhász, Gábor AU - Kalló, Gergő AU - Kékesi, Adrienna Katalin AU - Klement, Éva AU - Márk, László AU - Medzihradszky, F. Katalin AU - Pettkó-Szandtner, Aladár AU - Rokobné Révész, Ágnes AU - Schlosser, Gitta (Vácziné) AU - Szabó, Zoltán AU - Tóth, Gábor AU - Turiák, Lilla TI - Bevezetés a proteomikába : a fehérjék korszerű vizsgálata PB - Semmelweis Egyetem CY - Budapest PY - 2023 SN - 9789633316009 UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/34407280 ID - 34407280 LA - Hungarian DB - MTMT ER - TY - JOUR AU - Rácz, Szilvia AU - Emri, Miklós AU - Opposits, Gábor AU - Berényi, Ervin László AU - Benczik, Lajos AU - Ludman, István Attila AU - Kappelmayer, János AU - Bhattoa Harjit, Pál TI - Laboratóriumi paraméterek kódolása a LOINC-rendszer szerint a Debreceni Egyetem Klinikai Központjában JF - ORVOSI HETILAP J2 - ORV HETIL VL - 164 PY - 2023 IS - 27 SP - 1043 EP - 1051 PG - 9 SN - 0030-6002 DO - 10.1556/650.2023.32814 UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/34089339 ID - 34089339 AB - Bevezetés: A Debreceni Egyetem adatvagyonának jelentős részét alkotja a Klinikai Központban zajló betegellátás során keletkezett orvosi, biokémiai és képi adat, rendszerezetlen változatban. Ezek kutatási célú alkalmazhatósága jelentősen korlátozott. Az egyetemi „Tématerületi Kiválósági Programon” belül, a „Big Data tématerület” keretében elindított K+F projekt legfontosabb célja az anonimizált adatvagyon elérhetővé tétele a felhasználók számára megfelelő transzformációs eljárások kidolgozásával. Az elemzésre kiválóan használható adatokat az in vitro rutindiagnosztikai laboratórium által szolgáltatott adatok jelentik. A rutindiagnosztikai gyakorlatban használatos adatmezőket rövidített, magyar nyelvű, nem standardizált kulcsszavak jelölik, és e kulcsszavak kódolására a nemzetközi Logikai Megfigyelési Azonosítók, Nevek és Kódok (Logical Observation Identifiers Names and Codes – LOINC) szabvány alkalmazását határoztuk el. Referencialaboratóriumok, egészségügyi szolgáltatók, kormányhivatalok, egészségügyi biztosítók, orvosi szoftverek és műszerek gyártói, kutatók, valamint az egészségügyi rendszert igénybe vevők világszerte használják a LOINC-rendszert az adatok azonosítására, valamint azok rendszerek közötti zökkenőmentes átadására. Célkitűzés: Célunk a Debreceni Egyetem Klinikai Központjának Laboratóriumi Medicina Intézete által meghatározott rutindiagnosztikai paraméterek (n = 448) megfeleltetése a LOINC kódolási rendszernek, figyelembe véve az azonos adatok hátterében az időbeli és módszertani eltéréseket. Módszerek: A laboratóriumi adatokhoz rendelt kulcsszavakat a kórházi informatikai rendszer üzemeltetőjétől kapott adatbázis alapján elemeztük. A rutindiagnosztikában használatos kulcsszavakat, megnevezéseket használtuk a LOINC-szabvány szerinti kódolásra azután, hogy a kódolás módszertanát áttanulmányoztuk, és megfelelő jártasságra tettünk szert az alkalmazásában. Eredmények: Magyarországon egyedülálló módon megfeleltettük az elvégzett rutindiagnosztikai laboratóriumi adatok és vizsgálatok elnevezéseit a LOINC-rendszer követelményeinek, és nyilvánosan hozzáférhetővé tettük őket a Debreceni Egyetem https://labmed.unideb.hu/hu/loinc-tablazatok világhálójának elérhetőségén. Következtetés: Az egységes nemzetközi LOINC-rendszer szerint kódolt adatok hatékonyabban elősegítik a Debreceni Egyetem nemzetközi integrációs törekvéseit, többek között a laboratóriumok közötti kommunikációt, valamint a nemzetközi, határokon átívelő információáramlást és a valamennyi érdekelttel való kapcsolattartást. Orv Hetil. 2023; 164(27): 1043–1051. LA - Hungarian DB - MTMT ER - TY - GEN AU - Aranyi, Sándor Csaba AU - Képes, Zita AU - Nagy, Marianna AU - Opposits, Gábor AU - Garai, Ildikó AU - Káplár, Miklós AU - Emri, Miklós TI - Nyugalmi agyi hálózatok eltéréseinek vizsgálata 2-es típusú diabetes mellitusban és obezitásban PY - 2023 UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/34055604 ID - 34055604 LA - Hungarian DB - MTMT ER - TY - JOUR AU - Clemens, Béla AU - Emri, Miklós AU - Fekete, István AU - Fekete, Klára TI - Epileptic diathesis: An EEG-LORETA study JF - CLINICAL NEUROPHYSIOLOGY J2 - CLIN NEUROPHYSIOL VL - 145 PY - 2023 SP - 54 EP - 61 PG - 8 SN - 1388-2457 DO - 10.1016/j.clinph.2022.11.004 UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/33578502 ID - 33578502 LA - English DB - MTMT ER - TY - JOUR AU - Módis, László AU - Aradi, Zsófia AU - Horváth, Ildikó Fanny AU - Bencze, János AU - Papp, Tamás AU - Emri, Miklós AU - Berényi, Ervin László AU - Bugán, Antal AU - Szántó, Antónia TI - Central Nervous System Involvement in Primary Sjögren’s Syndrome: Narrative Review of MRI Findings JF - DIAGNOSTICS J2 - DIAGNOSTICS VL - 13 PY - 2023 IS - 1 SP - 14 SN - 2075-4418 DO - 10.3390/diagnostics13010014 UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/33542619 ID - 33542619 AB - Central nervous system (CNS) involvement is one of the numerous extraglandular manifestations of primary Sjögren’s syndrome (pSS). Moreover, neurological complaints precede the sicca symptoms in 25–60% of the cases. We review the magnetic resonance imaging (MRI) lesions typical for pSS, involving the conventional examination, volumetric and morphometric studies, diffusion tensor imaging (DTI) and resting-state fMRI. The most common radiological lesions in pSS are white matter hyperintensities (WMH), scattered alterations hyperlucent on T2 and FLAIR sequences, typically located periventricularly and subcortically. Cortical atrophy and ventricular dilatation can also occur in pSS. Whilst these conditions are thought to be more common in pSS than healthy controls, DTI and resting-state fMRI alterations demonstrate evident microstructural changes in pSS. As pSS is often accompanied by cognitive symptoms, these MRI alterations are expectedly related to them. This relationship is not clearly delineated in conventional MRI studies, but DTI and resting-state fMRI examinations show more convincing correlations. In conclusion, the CNS manifestations of pSS do not follow a certain pattern. As the link between the MRI lesions and clinical manifestations is not well established, more studies involving larger populations should be performed to elucidate the correlations. LA - English DB - MTMT ER - TY - JOUR AU - Lückl, János AU - Baker, Wesley AU - Boda, Krisztina AU - Emri, Miklós AU - YodhArjun G Yodh, Arjun G AU - Greenberg, Joel H TI - Oxyhemoglobin and cerebral blood flow transients detect infarction in rat focal brain ischemia JF - NEUROSCIENCE J2 - NEUROSCIENCE VL - 509 PY - 2023 SP - 132 EP - 144 PG - 13 SN - 0306-4522 DO - 10.1016/j.neuroscience.2022.11.028 UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/33286181 ID - 33286181 AB - depolarizations (SD) refer to the near-complete depolarization of neurons that is associated with brain injuries such as ischemic stroke. The present gold standard for SD monitoring in humans is invasive electrocorticography (ECoG). A promising non-invasive alternative to ECoG is diffuse optical monitoring of SD -related flow and hemoglobin transients. To investigate the clinical utility of flow and hemoglobin transients, we analyzed their association with infarction in rat focal brain ischemia. Optical images of flow, oxy-hemoglobin, and deoxy-hemoglobin were continuously acquired with Laser Speckle and Optical Intrinsic Signal imaging for 2 h after photochemically induced distal middle cerebral artery occlusion in Sprague-Dawley rats (n = 10). Imag-ing was performed through a 6 x 6 mm window centered 3 mm posterior and 4 mm lateral to Bregma. Rats were sacrificed after 24 h, and the brain slices were stained for assessment of infarction. We mapped the infarcted area onto the imaging data and used nine circular regions of interest (ROI) to distinguish infarcted from non-infarcted tissue. Transients propagating through each ROI were characterized with six parameters (negative, positive, and total amplitude; negative and positive slope; duration). Transients were also classified into three morphology types (positive monophasic, biphasic, negative monophasic). Flow transient morphology, positive amplitude, positive slope, and total amplitude were all strongly associated with infarction (p < 0.001). Associations with infarction were also observed for oxy-hemoglobin morphology, oxy-hemoglobin positive amplitude and slope, and deoxy-hemoglobin positive slope and duration (all p < 0.01). These results suggest that flow and hemoglobin transients accompanying SD have value for detecting infarction.(c) 2022 IBRO. Published by Elsevier Ltd. All rights reserved. LA - English DB - MTMT ER - TY - JOUR AU - Aranyi, Sándor Csaba AU - Képes, Zita AU - Nagy, Marianna AU - Opposits, Gábor AU - Garai, Ildikó AU - Káplár, Miklós AU - Emri, Miklós TI - Topological dissimilarities of hierarchical resting networks in type 2 diabetes mellitus and obesity JF - JOURNAL OF COMPUTATIONAL NEUROSCIENCE J2 - J COMPUT NEUROSCI VL - 51 PY - 2023 SP - 71 EP - 86 PG - 16 SN - 0929-5313 DO - 10.1007/s10827-022-00833-9 UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/33130191 ID - 33130191 N1 - 337030 AB - Type 2 diabetes mellitus (T2DM) is reported to cause widespread changes in brain function, leading to cognitive impairments. Research using resting-state functional magnetic resonance imaging data already aims to understand functional changes in complex brain connectivity systems. However, no previous studies with dynamic causal modelling (DCM) tried to investigate large-scale effective connectivity in diabetes. We aimed to examine the differences in large-scale resting state networks in diabetic and obese patients using combined DCM and graph theory methodologies. With the participation of 70 subjects (43 diabetics, 27 obese), we used cross-spectra DCM to estimate connectivity between 36 regions, subdivided into seven resting networks (RSN) commonly recognized in the literature. We assessed group-wise connectivity of T2DM and obesity, as well as group differences, with parametric empirical Bayes and Bayesian model reduction techniques. We analyzed network connectivity globally, between RSNs, and regionally. We found that average connection strength was higher in T2DM globally and between RSNs, as well. On the network level, the salience network shows stronger total within-network connectivity in diabetes (8.07) than in the obese group (4.02). Regionally, we measured the most significant average decrease in the right middle temporal gyrus (-0.013 Hz) and the right inferior parietal lobule (-0.01 Hz) relative to the obese group. In comparison, connectivity increased most notably in the left anterior prefrontal cortex (0.01 Hz) and the medial dorsal thalamus (0.009 Hz). In conclusion, we find the usage of complex analysis of large-scale networks suitable for diabetes instead of focusing on specific changes in brain function. LA - English DB - MTMT ER - TY - JOUR AU - Béres, András AU - Emri, Miklós AU - Aranyi, Sándor Csaba AU - Fajtai, Dániel AU - Nagy, Ferenc AU - Szabó, Péter AU - Bödecs, Pál AU - Hörcsik, Edit AU - Perpékné Papp, Éva AU - Tomanek, Ferenc AU - Kuti, Márta AU - Petőfalviné, Ágnes AU - Kisdeákné, Hajnalka AU - Bíró, Gergely AU - Kovács, Dániel AU - Bakos, Bettina AU - Vinczen, Eszter AU - Gál, Eszter AU - Sillinger, Renáta AU - Szalai, Zoltán AU - Szilágyi, Antal AU - Kiss-Merki, Marianna AU - Nagyéri, György AU - Fodor, Judit AU - Németh, Tamás AU - Papp, Erzsébet AU - Repa, Imre TI - Healing through faith: meeting a chaplain coupled with biblical readings could produce lymphocyte changes that correlate with brain activity (HEALING study) JF - F1000RESEARCH J2 - F1000RESEARCH VL - 10 PY - 2022 SN - 2046-1402 DO - 10.12688/f1000research.74504.4 UR - https://m2.mtmt.hu/api/publication/33851325 ID - 33851325 AB - Introduction: Faith and systems of beliefs are known to impact not only the emotional, but also the immunological state of believers in ways that we are just starting to understand. Moreover, clinical implications of previous studies are limited. The aim of the “HEALING” (Hospital-based Ecumenical and Linguistic Immuno-NeuroloGic) Study was to examine immunological and neurological changes in hospitalized patients after meeting a chaplain coupled with biblical readings. Methods: Hospitalized patients were pre-screened to find those who were the most in need of an intervention. A passage from the Bible was read to them during a meeting with the chaplain at the bedside (n= 20) or in the chapel (n= 18). No meeting occurred in the randomized control group (n=19). Blood samples were taken 30 minutes prior, and 60 minutes after the meeting to measure white blood cells (WBC), interferon gamma (IFN-γ), immunoglobulin M (IgM), IgA, IgG, and complement 3 (C3). A subgroup of the visited patients was subjected to functional magnetic resonance imaging (fMRI), where they were played an audiotape of readings of the same passage from the Bible (n=21). Results: Lymphocyte counts increased more often after the more successful visits, but the immunological changes were not significant. Conversely, a significant (p fwe=0.003) correlation was revealed between changes in lymphocytes and activation of the angular gyrus (left BA39) during fMRI, a brain area involved in word recognition. Conclusions: Although limited by the sample size and cohort study design, the findings suggest the depth of psycho-immunological changes could depend on the degree to which the chaplains’ main message is understood. LA - English DB - MTMT ER -