https://m2.mtmt.hu/ hun 2026-09-22 20:43 JournalArticle 36197999 APPROVED true Zsófia E. Kálmán and András Czajlik have equal contribution to the work. 0 false 2026-09-07T13:25:36.262+0000 2026-03-06T14:15:17.694+0000 2025-06-19T06:52:01.598+0000 true 10019567 Sifter Viktória /api/admin/10019567 Admin Sifter Viktória (PPKE ITK admin 5) true 10019567 2026-09-07T13:24:14.690+0000 true false true 24 24 /api/publicationtype/24 PublicationType Folyóiratcikk 1 true 24 JournalArticle true 10000059 Article true 24 24 /api/publicationtype/24 PublicationType Folyóiratcikk 1 true 24 JournalArticle /api/subtype/10000059 Szakcikk SubType Szakcikk (Folyóiratcikk) 101 true 10000059 true 1 /api/category/1 Category Tudományos true 1 Zsófia, E. Kálmán true true /api/journal/3802 REVIEWED PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS 0887-3585 1097-0134 true false 3802 false 3802 true 0887-3585 1097-0134 Journal FOREIGN 94 4 947 960 947 14 2025 Homer proteins are modular scaffold molecules that constitute an integral part of the protein network within the postsynaptic density. Full-length Homer1 forms a large homotetramer via a long coiled coil region, and can interact with proline-rich target sequences with its globular EVH1 domain. Here we report an atomistic model of the Homer1 coiled coil region along with the NMR solution structure and backbone dynamics of its EVH1 domain, with implications for the organization of the full-length tetramer. Compared to the already available EVH1 structures, our NMR ensemble exhibits subtle differences, mostly in and around its partner binding region, suggesting the presence of ligand-induced conformational transitions. Molecular dynamics simulations of the long coiled coil reveal distinct regions with different stability and flexibility, with the N-terminal part of the coiled coil exhibiting the largest motions. Interestingly, this segment is highly conserved, pointing to the functional relevance of the observed dynamical features. Our results indicate previously unexplored aspects of the flexibility of the full-length Homer1 tetramer that might contribute to the dynamic rearrangements of the postsynaptic protein network linked to its functional transitions. Funding 2060420 /api/funding/2060420 (137947) false true Funding 2060421 /api/funding/2060421 Thematic Excellence Program(TKP2021-EGA-42) false true Funding 2060422 /api/funding/2060422 (2021-4.1.2-NEMZ_KI-2022-00027) false true Funding 2060423 /api/funding/2060423 (GINOP-2.3.2-15-2016-00008) Támogató: Emberi Erőforrások Minisztériuma false true Funding 2060424 /api/funding/2060424 GINOP(GINOP-2.3.3-15-2016-00004) false true Funding 2062948 /api/funding/2062948 (Digital Government Development and Project Management Ltd.) Támogató: DKF false true true 2025 true true true false true false GOLD 2026-09-07 true https://doi.org/10.1002/prot.70091 1 0 1 0 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 3 3 Folyóiratcikk Journal Article 24 1 Könyvrészlet Chapter in Book 25 0 Könyv Book 23 0 Egyéb konferenciaközlemény Conference paper 31 0 Egyéb konferenciakötet Conference proceedings 32 0 Oltalmi formák Protection forms 26 0 Disszertáció Thesis 28 0 Egyéb Miscellaneous 29 0 Alkotás Achievement 22 0 Kutatási adat Research data 33 0 Folyóiratcikk Journal Article 24 0 0 0 Könyvrészlet Chapter in Book 25 0 0 0 Könyv Book 23 0 0 0 Egyéb konferenciaközlemény Conference paper 31 0 0 0 Egyéb konferenciakötet Conference proceedings 32 0 0 0 Oltalmi formák Protection forms 26 0 0 0 Disszertáció Thesis 28 0 0 0 Egyéb Miscellaneous 29 0 0 0 Alkotás Achievement 22 0 0 0 Kutatási adat Research data 33 0 0 0 2025 0 1 0 1 0 Q2 false false false false 2025-09-17T06:59:49.062+0000 Biokémiai Tanszék (SE / AOK / I / BMBI); Információs Technológiai és Bionikai Kar (PPKE); Roska Tamás Műszaki és Természettudományi Dokto... (PPKE / ITK); Szerves Kémiai Tanszék (DE / TTK / KemI) 6 46 4 10 0 true Language 10002 /api/language/10002 Angol Angol English true 2 true PersonAuthorship 126947009 /api/authorship/126947009 Zsófia, E. Kálmán [Kálmán, Zsófia Etelka (Fehérje bioinform...), szerző] Roska Tamás Műszaki és Természettudományi Dokto... (PPKE / ITK) 1 0.1 true false Author 10065249 /api/author/10065249 Kálmán Zsófia Etelka (Fehérje bioinformatika) Kálmán Zsófia Etelka true 10065249 true Zsófia E. Kálmán true false false AuthorshipType 1 /api/authorshiptype/1 Szerző 0 true 0 true false true PersonAuthorship 126947010 /api/authorship/126947010 András, Czajlik* [Czajlik, András (Szerkezeti kémia), szerző] Biokémiai Tanszék (SE / AOK / I / BMBI) 2 0.1 true false Author 10017084 /api/author/10017084 Czajlik András (Szerkezeti kémia) Czajlik András true 10017084 true András Czajlik true false false AuthorshipType 1 /api/authorshiptype/1 Szerző 0 true 0 true false true PersonAuthorship 126947011 /api/authorship/126947011 Brigitta, Maruzs 3 0.1 false false Brigitta Maruzs true false false AuthorshipType 1 /api/authorshiptype/1 Szerző 0 true 0 true false true PersonAuthorship 126947012 /api/authorship/126947012 Fanni, Farkas [Farkas, Fanni (Szerkezeti biológia), szerző] Roska Tamás Műszaki és Természettudományi Dokto... (PPKE / ITK) 4 0.1 false false Author 10076788 /api/author/10076788 Farkas Fanni (Szerkezeti biológia) Farkas Fanni true true Fanni Farkas true false false AuthorshipType 1 /api/authorshiptype/1 Szerző 0 true 0 true false true PersonAuthorship 126947013 /api/authorship/126947013 István, Pap 5 0.1 false false István Pap true false false AuthorshipType 1 /api/authorshiptype/1 Szerző 0 true 0 true false true PersonAuthorship 126947014 /api/authorship/126947014 Csilla, Homonnay 6 0.1 false false Csilla Homonnay true false false AuthorshipType 1 /api/authorshiptype/1 Szerző 0 true 0 true false true PersonAuthorship 126947015 /api/authorship/126947015 Tomas, Klumpler 7 0.1 false false Tomas Klumpler true false false AuthorshipType 1 /api/authorshiptype/1 Szerző 0 true 0 true false true PersonAuthorship 126947016 /api/authorship/126947016 Gyula, Batta [Batta, Gyula (NMR spektroszkópia), szerző] Szerves Kémiai Tanszék (DE / TTK / KemI) 8 0.1 false false Author 10007156 /api/author/10007156 Batta Gyula (NMR spektroszkópia) Batta Gyula true 10007156 true Gyula Batta true false false AuthorshipType 1 /api/authorshiptype/1 Szerző 0 true 0 true false true PersonAuthorship 126947017 /api/authorship/126947017 Zoltán, Gáspári [Gáspári, Zoltán (Fehérje NMR, szer...), szerző] Információs Technológiai és Bionikai Kar (PPKE) 9 0.1 false false Author 10001271 /api/author/10001271 Gáspári Zoltán (Fehérje NMR, szerkezeti bioinformatika) Gáspári Zoltán true 10001271 true Zoltán Gáspári true false false AuthorshipType 1 /api/authorshiptype/1 Szerző 0 true 0 true false true PersonAuthorship 126947018 /api/authorship/126947018 Bálint, Péterfia ✉ [Péterfia, Bálint (Molekuláris biológia), szerző] Információs Technológiai és Bionikai Kar (PPKE) 10 0.1 false true true Author 10026672 /api/author/10026672 Péterfia Bálint (Molekuláris biológia) Péterfia Bálint true 10026672 true Bálint Péterfia true false false AuthorshipType 1 /api/authorshiptype/1 Szerző 0 true 0 true false true PublicationIdentifier 30203771 /api/publicationidentifier/30203771 DOI: 10.1002/prot.70091 PlainSource 6 /api/publicationsource/6 DOI PublicationSourceType 10001 /api/publicationsourcetype/10001 DOI true true true DOI DOI https://doi.org/@@@ true true 6 true GOLD true IDENTICAL 10.1002/prot.70091 https://doi.org/10.1002/prot.70091 false true PublicationIdentifier 30260470 /api/publicationidentifier/30260470 WoS: 001619575800001 PlainSource 1 /api/publicationsource/1 WoS PublicationSourceType 10003 /api/publicationsourcetype/10003 Indexelő adatbázis false true true WoS WoS https://www.webofscience.com/wos/woscc/full-record/@@@ true true 1 true IDENTICAL 001619575800001 https://www.webofscience.com/wos/woscc/full-record/001619575800001 false true PublicationIdentifier 31598241 /api/publicationidentifier/31598241 DEA: 405369 PlainSource 38 /api/publicationsource/38 DEA PublicationSourceType 10007 /api/publicationsourcetype/10007 Repozitórium true true true DEA http://hdl.handle.net/2437/@@@ true true 38 true IDENTICAL 405369 http://hdl.handle.net/2437/405369 false true PublicationIdentifier 30260471 /api/publicationidentifier/30260471 Scopus: 105022635167 PlainSource 3 /api/publicationsource/3 Scopus PublicationSourceType 10003 /api/publicationsourcetype/10003 Indexelő adatbázis false true true Scopus Scopus http://www.scopus.com/record/display.url?origin=inward&eid=2-s2.0-@@@ true true 3 true IDENTICAL 105022635167 http://www.scopus.com/record/display.url?origin=inward&eid=2-s2.0-105022635167 false true PublicationIdentifier 30260472 /api/publicationidentifier/30260472 PubMed: 41267651 PlainSource 17 /api/publicationsource/17 PubMed PublicationSourceType 10003 /api/publicationsourcetype/10003 Indexelő adatbázis false true true PubMed PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=@@@&dopt=Abstract true true 17 true IDENTICAL 41267651 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=41267651&dopt=Abstract false true Classification 10001 /api/classification/10001 Tudomány true true Keyword 2813 /api/keyword/2813 NMR true 2813 true Keyword 1090692 /api/keyword/1090692 MD simulation true 1090692 true Keyword 1531205 /api/keyword/1531205 coiled coil true true Keyword 3929683 /api/keyword/3929683 dynamics true true Keyword 4195271 /api/keyword/4195271 EVH1 domain true true SjrRating 11560056 /api/sjrrating/11560056 sjr:Q2 (2025) Scopus - Biochemistry PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS 0887-3585 1097-0134 117 0.49 journal RatingType 10002 /api/ratingtype/10002 sjr sjr true true ClassificationExternal 1303 /api/classificationexternal/1303 Scopus - Biochemistry true 1303 true Q2 DIRECT true true /api/publication/36197999 Zsófia E. Kálmán et al. Structural Modeling and Dynamics of the Full-Length Homer1 Multimer. (2025) PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS 0887-3585 1097-0134 94 4 947-960<div class="JournalArticle Publication long-list"> <div class="authors"> <img title="Forrásközlemény" style="float: left" src="/frontend/resources/grid/publication-core-icon.png"> <img title="Idézőközlemény" style="float: left" src="/frontend/resources/grid/publication-citation-icon.png"> <div class="autype autype0"> <span class="author-name" mtid="10065249"><a href="/gui2/?type=authors&mode=browse&sel=10065249" target="_blank">Zsófia E. Kálmán (<span class="authorship-author-name">Kálmán Zsófia Etelka</span> <span class="authorAux-mtmt"> Fehérje bioinformatika</span>) </a> </span> <span class="author-affil"><span title="Pázmány Péter Katolikus Egyetem">PPKE</span>/<span title="Információs Technológiai és Bionikai Kar">ITK</span>/Roska Tamás Műszaki és Természettudományi Doktori Iskola</span> ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <span class="author-name" mtid="10017084"><a href="/gui2/?type=authors&mode=browse&sel=10017084" target="_blank">András Czajlik^* (<span class="authorship-author-name">Czajlik András</span> <span class="authorAux-mtmt"> Szerkezeti kémia</span>) </a> </span> <span class="author-affil"><span title="Semmelweis Egyetem">SE</span>/<span title="Általános Orvostudományi Kar">AOK</span>/<span title="Intézet">I</span>/<span title="Biokémiai és Molekuláris Biológiai Intézet">BMBI</span>/Biokémiai Tanszék</span> ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <span class="author-name" >Brigitta Maruzs </span> ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <span class="author-name" mtid="10076788"><a href="/gui2/?type=authors&mode=browse&sel=10076788" target="_blank">Fanni Farkas (<span class="authorship-author-name">Farkas Fanni</span> <span class="authorAux-mtmt"> Szerkezeti biológia</span>) </a> </span> <span class="author-affil"><span title="Pázmány Péter Katolikus Egyetem">PPKE</span>/<span title="Információs Technológiai és Bionikai Kar">ITK</span>/Roska Tamás Műszaki és Természettudományi Doktori Iskola</span> ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <span class="author-name" >István Pap </span> ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <span class="author-name" >Csilla Homonnay </span> ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <span class="author-name" >Tomas Klumpler </span> ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <span class="author-name" mtid="10007156"><a href="/gui2/?type=authors&mode=browse&sel=10007156" target="_blank">Gyula Batta (<span class="authorship-author-name">Batta Gyula</span> <span class="authorAux-mtmt"> NMR spektroszkópia</span>) </a> </span> <span class="author-affil"><span title="Debreceni Egyetem">DE</span>/<span title="Természettudományi és Technológiai Kar">TTK</span>/<span title="Kémiai Intézet">KemI</span>/Szerves Kémiai Tanszék</span> ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <span class="author-name" mtid="10001271"><a href="/gui2/?type=authors&mode=browse&sel=10001271" target="_blank">Zoltán Gáspári (<span class="authorship-author-name">Gáspári Zoltán</span> <span class="authorAux-mtmt"> Fehérje NMR, szerkezeti bioinformatika</span>) </a> </span> <span class="author-affil"><span title="Pázmány Péter Katolikus Egyetem">PPKE</span>/Információs Technológiai és Bionikai Kar</span> ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <span class="author-name" mtid="10026672"><a href="/gui2/?type=authors&mode=browse&sel=10026672" target="_blank">Bálint Péterfia ✉ (<span class="authorship-author-name">Péterfia Bálint</span> <span class="authorAux-mtmt"> Molekuláris biológia</span>) </a> </span> <span class="author-affil"><span title="Pázmány Péter Katolikus Egyetem">PPKE</span>/Információs Technológiai és Bionikai Kar</span> </div> </div> <div class="title"><a href="/gui2/?mode=browse&params=publication;36197999" target="_blank">Structural Modeling and Dynamics of the Full-Length Homer1 Multimer</a></div> <div> <span class="journal-title">PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS</span> <span class="journal-issn">(<a target="_blank" href="https://portal.issn.org/resource/ISSN/0887-3585">0887-3585</a> <a target="_blank" href="https://portal.issn.org/resource/ISSN/1097-0134">1097-0134</a>)</span>: <span class="journal-volume">94</span> <span class="journal-issue">4</span> <span class="page"> pp 947-960 </span> <span class="year">(2025)</span> </div> <div class="pub-footer"> <span class="language" xmlns="http://www.w3.org/1999/html">Nyelv: Angol | </span> <span class="identifiers"> <span class="id identifier oa_GOLD" title=" Gold "> <a style="color:blue" title="10.1002/prot.70091" target="_blank" href="https://doi.org/10.1002/prot.70091"> DOI </a> </span> <span class="id identifier oa_none" title="none"> <a style="color:blue" title="001619575800001" target="_blank" href="https://www.webofscience.com/wos/woscc/full-record/001619575800001"> WoS </a> </span> <span class="id identifier oa_none" title="none"> <a style="color:blue" title="405369" target="_blank" href="http://hdl.handle.net/2437/405369"> DEA </a> </span> <span class="id identifier oa_none" title="none"> <a style="color:blue" title="105022635167" target="_blank" href="http://www.scopus.com/record/display.url?origin=inward&eid=2-s2.0-105022635167"> Scopus </a> </span> <span class="id identifier oa_none" title="none"> <a style="color:blue" title="41267651" target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=41267651&dopt=Abstract"> PubMed </a> </span> </span> <OnlyViewableByAuthor><div class="ratings"> <div class="journal-subject">Folyóirat szakterülete: Scopus - Biochemistry&nbsp;&nbsp;&nbsp;SJR indikátor:&nbsp;Q2</div> <div class="journal-subject">Folyóirat szakterülete: Scopus - Genetics&nbsp;&nbsp;&nbsp;SJR indikátor:&nbsp;Q2</div> <div class="journal-subject">Folyóirat szakterülete: Scopus - Molecular Biology&nbsp;&nbsp;&nbsp;SJR indikátor:&nbsp;Q2</div> <div class="journal-subject">Folyóirat szakterülete: Scopus - Structural Biology&nbsp;&nbsp;&nbsp;SJR indikátor:&nbsp;Q2</div> </div></OnlyViewableByAuthor> <div class="publication-citation" style="margin-left: 0.5cm;"> <span title="Nyilvános idézőközlemények összesen, említések nélkül" class="citingPub-count">Nyilvános idéző összesen: 1</span> | Független: 0 | Függő: 1 | Nem jelölt: 0 | WoS jelölt: 1 | Scopus jelölt:&nbsp;1 | WoS/Scopus jelölt:&nbsp;1 | DOI jelölt:&nbsp;1 </div> <div class="publication-citation"> <a target="_blank" href="/api/publication?cond=citations.related;eq;36197999&sort=publishedYear,desc&sort=title"> Idézett közlemények száma: 3 </a> </div> <div class="mtid"><span class="long-pub-mtid">Közlemény: 36197999</span> | <span class="status-data status-APPROVED"> Nyilvános </span> Forrás Idéző | <span class="type-subtype">Folyóiratcikk ( Szakcikk ) </span> | <span class="pub-category">Tudományos</span> | <span class="publication-sourceOfData">WoS-XML</span> </div> <div class="funder"> (137947), Thematic Excellence Program(TKP2021-EGA-42), (2021-4.1.2-NEMZ_KI-2022-00027), (GINOP-2.3.2-15-2016-00008) Támogató: Emberi Erőforrások Minisztériuma, GINOP(GINOP-2.3.3-15-2016-00004), (Digital Government Development and Project Management Ltd.) Támogató: DKF </div> <div class="lastModified">Utolsó módosítás: 2026.03.06. 15:15 Szulyákné Kovács Mariann (DE/TTK admin 5) </div> <pre class="comment" style="margin-top: 0; margin-bottom: 0;"><u>Megjegyzés</u>: Zsófia E. Kálmán and András Czajlik have equal contribution to the work.</pre> </div></div>