Comprehensive reanalysis for CNVs in ES data from unsolved rare disease cases results in new diagnoses.

Demidov, German ✉; Yaldiz, Burcu; Garcia-Pelaez, José; de Boer, Elke; Schuermans, Nika; Van de Vondel, Liedewei; Paramonov, Ida; Johansson, Lennart F; Musacchia, Francesco; Benetti, Elisa; Bullich, Gemma; Sablauskas, Karolis; Beltran, Sergi; Gilissen, Christian; Hoischen, Alexander; Ossowski, Stephan; de Voer, Richarda; Lohmann, Katja; Oliveira, Carla; Topf, Ana; Vissers, Lisenka E L M; Laurie, Steven ✉; Solve-RD Consortium [Kollaborációs szervezet]; Riess, Olaf [Kollaborációs közreműködő]; Haack, Tobias B [Kollaborációs közreműködő]; Graessner, Holm [Kollaborációs közreműködő]; Zurek, Birte [Kollaborációs közreműködő]; Ellwanger, Kornelia [Kollaborációs közreműködő]; Sturm, Marc [Kollaborációs közreműködő]; Park, Joohyun [Kollaborációs közreműködő]; Schütz, Leon [Kollaborációs közreműködő]; Schulze-Hentrich, Julia M [Kollaborációs közreműködő]; Schüle, Rebecca [Kollaborációs közreműködő]; Xu, Jishu [Kollaborációs közreműködő]; Kellner, Melanie [Kollaborációs közreműködő]; Resch, Baptist [Kollaborációs közreműködő]; Kolen, Ingrid [Kollaborációs közreműködő]; Synofzik, Matthis [Kollaborációs közreműködő]; Wilke, Carlo [Kollaborációs közreműködő]; Traschütz, Andreas [Kollaborációs közreműködő]; Beijer, Danique [Kollaborációs közreműködő]; Heutink, Peter [Kollaborációs közreműködő]; Schöls, Ludger [Kollaborációs közreműködő]; Hengel, Holger [Kollaborációs közreműködő]; Lerche, Holger [Kollaborációs közreműködő]; Boßelmann, Christian [Kollaborációs közreműködő]; Kegele, Josua [Kollaborációs közreműködő]; Lauerer-Braun, Robert [Kollaborációs közreműködő]; Lauxmann, Stephan [Kollaborációs közreműködő]; Brunner, Han [Kollaborációs közreműködő]; Scheffer, Hans [Kollaborációs közreműködő]; Hoogerbrugge, Nicoline [Kollaborációs közreműködő]; 't Hoen, Peter A C [Kollaborációs közreműködő]; Steyaert, Wouter [Kollaborációs közreműködő]; de Voer, Richarda [Kollaborációs közreműködő]; Kamsteeg, Erik-Jan [Kollaborációs közreműködő]; van de Warrenburg, Bart [Kollaborációs közreműködő]; van Os, Nienke [Kollaborációs közreműködő]; Paske, Iris Te [Kollaborációs közreműködő]; Janssen, Erik [Kollaborációs közreműködő]; de Boer, Elke [Kollaborációs közreműködő]; Steehouwer, Marloes [Kollaborációs közreműködő]; Neveling, Kornelia [Kollaborációs közreműködő]; van der Sanden, Bart [Kollaborációs közreműködő]; Sagath, Lydia [Kollaborációs közreműködő]; Kleefstra, Tjitske [Kollaborációs közreműködő]; Brookes, Anthony J [Kollaborációs közreműködő]; Gibson, Spencer [Kollaborációs közreműködő]; Riaz, Umar [Kollaborációs közreműködő]; Warren, Greg [Kollaborációs közreműködő]; Nalagandla, Sai Anuhya [Kollaborációs közreműködő]; Wang, Yunze Patrick [Kollaborációs közreműködő]; Sukumaran, Deepthi [Kollaborációs közreműködő]; Abadijou, Sadegh [Kollaborációs közreműködő]; Straub, Volker [Kollaborációs közreműködő]; Bettolo, Chiara Marini [Kollaborációs közreműködő]; Manera, Jordi Diaz [Kollaborációs közreműködő]; Hambleton, Sophie [Kollaborációs közreműködő]; Engelhardt, Karin [Kollaborációs közreműködő]; Clayton-Smith, Jill [Kollaborációs közreműködő]; Banka, Siddharth [Kollaborációs közreműködő]; Alexander, Elizabeth [Kollaborációs közreműködő]; Jackson, Adam [Kollaborációs közreműködő]; Faivre, Laurence [Kollaborációs közreműködő]; Thauvin, Christel [Kollaborációs közreműködő]; Vitobello, Antonio [Kollaborációs közreműködő]; Denommé-Pichon, Anne-Sophie [Kollaborációs közreműködő]; Duffourd, Yannis [Kollaborációs közreműködő]; Bruel, Ange-Line [Kollaborációs közreműködő]; Couturier, Victor [Kollaborációs közreműködő]; Gut, Ivo Glynne [Kollaborációs közreműködő]; Piscia, Davide [Kollaborációs közreműködő]; Matalonga, Leslie [Kollaborációs közreműködő]; Papakonstantinou, Anastasios [Kollaborációs közreműködő]; Corvo, Alberto [Kollaborációs közreműködő]; Fernandez-Callejo, Marcos [Kollaborációs közreműködő]; Hernández, Carles [Kollaborációs közreműködő]; Picó, Daniel [Kollaborációs közreműködő]; Codina, Anna Esteve [Kollaborációs közreműködő]; Dabad, Marc [Kollaborációs közreműködő]; Gut, Marta [Kollaborációs közreműködő]; Raineri, Emanuele [Kollaborációs közreműködő]; Gumus, Gulcin [Kollaborációs közreműködő]; Bros-Facer, Virginie [Kollaborációs közreműködő]; Rath, Ana [Kollaborációs közreműködő]; Hanauer, Marc [Kollaborációs közreműködő]; Lagorce, David [Kollaborációs közreműködő]; Hongnat, Oscar [Kollaborációs közreműködő]; Chahdil, Maroua [Kollaborációs közreműködő]; Lucano, Caterina [Kollaborációs közreműködő]; Lebreton, Emeline [Kollaborációs közreműködő]; Stevanin, Giovanni [Kollaborációs közreműködő]; Durr, Alexandra [Kollaborációs közreműködő]; Davoine, Claire-Sophie [Kollaborációs közreműködő]; Guillot-Noel, Léna [Kollaborációs közreműködő]; Heinzmann, Anna [Kollaborációs közreműködő]; Coarelli, Giulia [Kollaborációs közreműködő]; Bonne, Gisèle [Kollaborációs közreműködő]; Evangelista, Teresinha [Kollaborációs közreműködő]; Allamand, Valérie [Kollaborációs közreműködő]; Nelson, Isabelle [Kollaborációs közreműködő]; Ben Yaou, Rabah [Kollaborációs közreműködő]; Metay, Corinne [Kollaborációs közreműködő]; Eymard, Bruno [Kollaborációs közreműködő]; Cohen, Enzo [Kollaborációs közreműködő]; Atalaia, Antonio [Kollaborációs közreműködő]; Stojkovic, Tanya [Kollaborációs közreműködő]; Macek, Milan [Kollaborációs közreműködő]; Turnovec, Marek [Kollaborációs közreműködő]; Thomasová, Dana [Kollaborációs közreműködő]; Kremliková, Radka Pourová [Kollaborációs közreműködő]; Franková, Vera [Kollaborációs közreműködő]; Havlovicová, Markéta [Kollaborációs közreműködő]; Ryba, Lukáš [Kollaborációs közreműködő]; Lišková, Petra [Kollaborációs közreműködő]; Doležalová, Pavla [Kollaborációs közreműködő]; Krebsová, Alice [Kollaborációs közreműködő]; Parkinson, Helen [Kollaborációs közreműködő]; Keane, Thomas [Kollaborációs közreműködő]; Freeberg, Mallory [Kollaborációs közreműködő]; Thomas, Coline [Kollaborációs közreműködő]; Spalding, Dylan [Kollaborációs közreműködő]; Robinson, Peter [Kollaborációs közreműködő]; Danis, Daniel [Kollaborációs közreműködő]; Robert, Glenn [Kollaborációs közreműködő]; Costa, Alessia [Kollaborációs közreműködő]; Hanna, Mike [Kollaborációs közreműködő]; Houlden, Henry [Kollaborációs közreműködő]; Reilly, Mary [Kollaborációs közreműködő]; Vandrovcova, Jana [Kollaborációs közreműködő]; Efthymiou, Stephanie [Kollaborációs közreműködő]; Morsy, Heba [Kollaborációs közreműködő]; Cali, Elisa [Kollaborációs közreműködő]; Magrinelli, Francesca [Kollaborációs közreműködő]; Sisodiya, Sanjay M [Kollaborációs közreműködő]; Bellampalli, Ravishankara [Kollaborációs közreműködő]; Moloney, Patrick [Kollaborációs közreműködő]; Rohrer, Jonathan [Kollaborációs közreműködő]; Muntoni, Francesco [Kollaborációs közreműködő]; Zaharieva, Irina [Kollaborációs közreműködő]; Sarkozy, Anna [Kollaborációs közreműködő]; Perry, Luke [Kollaborációs közreműködő]; Pini, Veronica [Kollaborációs közreműködő]; Müller, Juliane [Kollaborációs közreműködő]; Timmerman, Vincent [Kollaborációs közreműködő]; Baets, Jonathan [Kollaborációs közreműködő]; de Vries, Geert [Kollaborációs közreműködő]; De Winter, Jonathan [Kollaborációs közreműködő]; de Jonghe, Peter [Kollaborációs közreműködő]; Van de Vondel, Liedewei [Kollaborációs közreműködő]; De Ridder, Willem [Kollaborációs közreműködő]; Weckhuysen, Sarah [Kollaborációs közreműködő]; Stamberger, Hannah [Kollaborációs közreműködő]; Millevert, Charissa [Kollaborációs közreműködő]; Smal, Noor [Kollaborációs közreműködő]; Nigro, Vincenzo [Kollaborációs közreműködő]; Morleo, Manuela [Kollaborációs közreműködő]; Pinelli, Michele [Kollaborációs közreműködő]; Banfi, Sandro [Kollaborációs közreműködő]; Torella, Annalaura [Kollaborációs közreműködő]; Zeuli, Roberta [Kollaborációs közreműködő]; Zanobio, Mariateresa [Kollaborációs közreműködő]; Piluso, Giulio [Kollaborációs közreműködő]; Ferlini, Alessandra [Kollaborációs közreműködő]; Selvatici, Rita [Kollaborációs közreműködő]; Gualandi, Francesca [Kollaborációs közreműködő]; Bigoni, Stefania [Kollaborációs közreműködő]; Neri, Marcella [Kollaborációs közreműködő]; Aretz, Stefan [Kollaborációs közreműködő]; Spier, Isabel [Kollaborációs közreműködő]; Sommer, Anna Katharina [Kollaborációs közreműködő]; Peters, Sophia [Kollaborációs közreműködő]; Barbosa-Matos, Rita [Kollaborációs közreműködő]; José, Celina São [Kollaborációs közreműködő]; Ferreira, Marta [Kollaborációs közreműködő]; Gullo, Irene [Kollaborációs közreműködő]; Fernandes, Susana [Kollaborációs közreműködő]; Garrido, Luzia [Kollaborációs közreműködő]; Ferreira, Pedro [Kollaborációs közreműködő]; Carneiro, Fátima [Kollaborációs közreműködő]; Swertz, Morris A [Kollaborációs közreműködő]; van der Velde, Joeri K [Kollaborációs közreműködő]; van der Vries, Gerben [Kollaborációs közreműködő]; Neerincx, Pieter B [Kollaborációs közreműködő]; Roelofs-Prins, Dieuwke [Kollaborációs közreműködő]; Ruvolo, David [Kollaborációs közreműködő]; van Gijn, Marielle [Kollaborációs közreműködő]; Abbott, Kristin M [Kollaborációs közreműködő]; Kerstjens Frederikse, Wilhemina S [Kollaborációs közreműködő]; Zonneveld-Huijssoon, Eveline [Kollaborációs közreműködő]; Köhler, Sebastian [Kollaborációs közreműködő]; Metcalfe, Alison [Kollaborációs közreműködő]; Moore, Richard [Kollaborációs közreműködő]; Verloes, Alain [Kollaborációs közreműködő]; Drunat, Séverine [Kollaborációs közreműködő]; Heron, Delphine [Kollaborációs közreműködő]; Mignot, Cyril [Kollaborációs közreműködő]; Keren, Boris [Kollaborációs közreműködő]; de Sainte Agathe, Jean-Madeleine [Kollaborációs közreműködő]; Jamra, Rami Abou [Kollaborációs közreműködő]; Abramowicz, Marc [Kollaborációs közreműködő]; Kiliçarslan, Özge Aksel [Kollaborációs közreműködő]; Allen, Nicholas [Kollaborációs közreműködő]; Javier Alonso García de la Rosa, Francisco [Kollaborációs közreműködő]; Balestrini, Simona [Kollaborációs közreműködő]; Balicza, Peter [Kollaborációs közreműködő]; Bartolomaeus, Tobias [Kollaborációs közreműködő]; Başak, Ayşe Nazl [Kollaborációs közreműködő]; Masó, Laura Batlle [Kollaborációs közreműködő]; Beeson, David [Kollaborációs közreműködő]; Benoit, Valerie [Kollaborációs közreműködő]; Benson, Katherine [Kollaborációs közreműködő]; Sánchez, Eva Bermejo [Kollaborációs közreműködő]; Bijlsma, Emilia K [Kollaborációs közreműködő]; Bogaert, Elke [Kollaborációs közreműködő]; Bourbouli, Mara [Kollaborációs közreműködő]; Boztug, Kaan [Kollaborációs közreműködő]; Brohée, Sylvain [Kollaborációs közreműködő]; Byrne, Susan [Kollaborációs közreműködő]; Garcia de Oteyza, Andrés Caballero [Kollaborációs közreműködő]; Capella, Gabriel [Kollaborációs közreműködő]; Carpancea, Evelina [Kollaborációs közreműködő]; Cavalleri, Gianpiero [Kollaborációs közreműködő]; Cazurro-Gutiérrez, Ana [Kollaborációs közreműködő]; Chinnery, Patrick F [Kollaborációs közreműködő]; Cilio, Maria-Roberta [Kollaborációs közreműködő]; Ciolfi, Andrea [Kollaborációs közreműködő]; Claeys, Kristl [Kollaborációs közreműködő]; Colobran, Roger [Kollaborációs közreműködő]; Cordts, Isabell [Kollaborációs közreműködő]; Cossins, Judith [Kollaborációs közreműködő]; Dahan, Karin [Kollaborációs közreműködő]; Dallapiccola, Bruno [Kollaborációs közreműködő]; Delanty, Norman [Kollaborációs közreműködő]; Depienne, Christel [Kollaborációs közreműködő]; Depondt, Chantal [Kollaborációs közreműködő]; Dermaut, Bart [Kollaborációs közreműködő]; Deschauer, Marcus [Kollaborációs közreműködő]; Desir, Julie [Kollaborációs közreműködő]; Destrée, Anne [Kollaborációs közreműködő]; Drakos, Minas [Kollaborációs közreműködő]; Duerinckx, Sarah [Kollaborációs közreműködő]; Estevez, Berta [Kollaborációs közreműködő]; Evangeliou, Athanasios [Kollaborációs közreműködő]; Fallerini, Chiara [Kollaborációs közreműködő]; Ferilli, Marco [Kollaborációs közreműködő]; Furini, Simone [Kollaborációs közreműködő]; Gagneur, Julien [Kollaborációs közreműködő]; Ghani, Hamidah [Kollaborációs közreműködő]; Greally, Marie [Kollaborációs közreműködő]; Grimbacher, Bodo [Kollaborációs közreműködő]; Guerrini, Renzo [Kollaborációs közreműködő]; Hackman, Peter [Kollaborációs közreműködő]; Haimel, Matthias [Kollaborációs közreműködő]; Bouveret, Eva Hammar [Kollaborációs közreműködő]; Hemelsoet, Dimitri [Kollaborációs közreműködő]; Herzog, Rebecca [Kollaborációs közreműködő]; Hoffer, Mariette J V [Kollaborációs közreműködő]; Holinski-Feder, Elke [Kollaborációs közreműködő]; Horvath, Rita [Kollaborációs közreműködő]; Huibers, Manon [Kollaborációs közreműködő]; Iacomino, Michele [Kollaborációs közreműködő]; Johari, Mridul [Kollaborációs közreműködő]; Kapaki, Elisabeth [Kollaborációs közreműködő]; Karadurmus, Deniz [Kollaborációs közreműködő]; Karakaya, Mert [Kollaborációs közreműködő]; Kokosali, Evgenia [Kollaborációs közreműködő]; Korff, Christian [Kollaborációs közreműködő]; Krass, Leon [Kollaborációs közreműködő]; Lacombe, Didier [Kollaborációs közreműködő]; Laner, Andreas [Kollaborációs közreműködő]; Leavis, Helen [Kollaborációs közreműködő]; Lederer, Damien [Kollaborációs közreműködő]; Leitão, Elsa [Kollaborációs közreműködő]; Lochmüller, Hanns [Kollaborációs közreműködő]; Martín, Estrella López [Kollaborációs közreműködő]; Luknárová, Rebeka [Kollaborációs közreműködő]; Macaya, Alfons [Kollaborációs közreműködő]; Malaichamy, Sivasankar [Kollaborációs közreműködő]; Marcé-Grau, Anna [Kollaborációs közreműködő]; Delgado, Beatriz Martínez [Kollaborációs közreműködő]; Mary, Sandrine [Kollaborációs közreműködő]; Masclaux, Frédéric [Kollaborációs közreműködő]; Mathioudakis, Lambros [Kollaborációs közreműködő]; Maver, Ales [Kollaborációs közreműködő]; May, Patrick [Kollaborációs közreműködő]; Maystadt, Isabelle [Kollaborációs közreműködő]; Mei, Davide [Kollaborációs közreműködő]; Mertes, Christian [Kollaborációs közreműködő]; Meunier, Colombine [Kollaborációs közreműködő]; Molnar, Maria Judit [Molnár, Mária Judit (Neurológia), Kollaborációs közreműködő] Genomikai Medicina és Ritka Betegségek Intézete (SE / AOK / I); Monestier, Olivier [Kollaborációs közreműködő]; Moortgat, Stéphanie [Kollaborációs közreműködő]; Münchau, Alexander [Kollaborációs közreműködő]; Munell, Francina [Kollaborációs közreműködő]; Osorio, Andrés Nascimento [Kollaborációs közreműködő]; de Benito, Daniel Natera [Kollaborációs közreműködő]; Reghan, Mary O [Kollaborációs közreműködő]; Olimpio, Catarina [Kollaborációs közreműködő]; Parrini, Elena [Kollaborációs közreműködő]; Pauly, Martje [Kollaborációs közreműködő]; Pérez-Dueñas, Belén [Kollaborációs közreműködő]; Peterlin, Borut [Kollaborációs közreműködő]; Platzer, Konrad [Kollaborációs közreműködő]; Polavarapu, Kiran [Kollaborációs közreműködő]; Poppe, Bruce [Kollaborációs közreműködő]; De la Paz, Manuel Posada [Kollaborációs közreműködő]; Privitera, Flavia [Kollaborációs közreműködő]; Radio, Francesca Clementina [Kollaborációs közreműködő]; Ratnaike, Thiloka [Kollaborációs közreműködő]; Renieri, Alessandra [Kollaborációs közreműködő]; Riva, Antonella [Kollaborációs közreműködő]; Rooryck, Caroline [Kollaborációs közreműködő]; Roos, Andreas [Kollaborációs közreműködő]; Ruivenkamp, Claudia A L [Kollaborációs közreműködő]; Rump, Andreas [Kollaborációs közreműködő]; Santen, Gijs W E [Kollaborációs közreműködő]; Savarese, Marco [Kollaborációs közreműködő]; Scala, Marcello [Kollaborációs közreműködő]; Schon, Katherine [Kollaborációs közreműködő]; Schröck, Evelin [Kollaborációs közreműködő]; Scudieri, Paolo [Kollaborációs közreműködő]; Spilioti, Martha [Kollaborációs közreműködő]; Steinke-Lange, Verena [Kollaborációs közreműködő]; Striano, Pasquale [Kollaborációs közreműködő]; Sznajer, Yves [Kollaborációs közreműködő]; Tartaglia, Marco [Kollaborációs közreműködő]; Thompson, Rachel [Kollaborációs közreműködő]; Trimouille, Aurelien [Kollaborációs közreműködő]; Udd, Bjarne [Kollaborációs közreműködő]; Uva, Paolo [Kollaborációs közreműködő]; Valle, Laura [Kollaborációs közreműködő]; van der Veken, Lars [Kollaborációs közreműködő]; van Heurck, Roxane [Kollaborációs közreműködő]; van Montfrans, Joris [Kollaborációs közreműködő]; Van Nieuwenhove, Erika [Kollaborációs közreműködő]; Verdin, Hannah [Kollaborációs közreműködő]; Webb, David [Kollaborációs közreműködő]; Wirth, Brunhilde [Kollaborációs közreműködő]; Yépez, Vicente A [Kollaborációs közreműködő]; Zaganas, Ioannis [Kollaborációs közreműködő]; Zara, Federico [Kollaborációs közreműködő]; Zguro, Kristina [Kollaborációs közreműködő]

Angol nyelvű Sokszerzős vagy csoportos szerzőségű szakcikk (Folyóiratcikk) Tudományos
Megjelent: NPJ GENOMIC MEDICINE 2056-7944 2056-7944 9 (1) Paper: 49 , 24 p. 2024
  • SJR Scopus - Genetics (clinical): D1
Azonosítók
Szakterületek:
  • Ritka betegségek
We report the results of a comprehensive copy number variant (CNV) reanalysis of 9171 exome sequencing datasets from 5757 families affected by a rare disease (RD). The data reanalysed was extremely heterogeneous, having been generated using 28 different enrichment kits by 42 different research groups across Europe partnering in the Solve-RD project. Each research group had previously undertaken their own analysis of the data but failed to identify disease-causing variants. We applied three CNV calling algorithms to maximise sensitivity, and rare CNVs overlapping genes of interest, provided by four partner European Reference Networks, were taken forward for interpretation by clinical experts. This reanalysis has resulted in a molecular diagnosis being provided to 51 families in this sample, with ClinCNV performing the best of the three algorithms. We also identified partially explanatory pathogenic CNVs in a further 34 individuals. This work illustrates the value of reanalysing ES cold cases for CNVs.
Hivatkozás stílusok: IEEEACMAPAChicagoHarvardCSLMásolásNyomtatás
2025-03-29 23:51