Primary Founder Mutations in the PRKDC Gene Increase Tumor Mutation Load in Colorectal Cancer

Pálinkás, H.L. [Pálinkás, Hajnalka Laura (Molekuláris biológia), szerző] Alkalmazott Biotechnológia és Élelmiszertudomán... (BME / VBK); Pongor, L. [Pongor, Lőrinc (Bioinformatika), szerző] II. Sz. Gyermekgyógyászati Klinika (SE / AOK / K); Bioinformatika Tanszék (SE / AOK / I); Balajti, M.; Nagy, Á. [Nagy, Ádám (biológia), szerző] II. Sz. Gyermekgyógyászati Klinika (SE / AOK / K); Bioinformatika Tanszék (SE / AOK / I); Nagy, K. [Nagy, Kinga (biotechnológia), szerző] Alkalmazott Biotechnológia és Élelmiszertudomán... (BME / VBK); Békési, A. [Békési, Angéla (Biokémia), szerző] Alkalmazott Biotechnológia és Élelmiszertudomán... (BME / VBK); Bianchini, G.; Vértessy, B.G. ✉ [Vértessy, Beáta (Grolmuszné) (Biokémia), szerző] Alkalmazott Biotechnológia és Élelmiszertudomán... (BME / VBK); Győrffy, B. ✉ [Győrffy, Balázs (Onkológia), szerző] II. Sz. Gyermekgyógyászati Klinika (SE / AOK / K); Onkológiai Biomarker Kutatócsoport (Lendület) (HRN TTK / MÉI); Bioinformatika Tanszék (SE / AOK / I)

Angol nyelvű Szakcikk (Folyóiratcikk) Tudományos
Megjelent: INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES 1661-6596 1422-0067 23 (2) Paper: 633 , 14 p. 2022
  • SJR Scopus - Inorganic Chemistry: D1
Azonosítók
Támogatások:
  • (K135231)
  • (VEKOP-2.3.2-16-2017-00013) Támogató: NKTH
  • (2018-2.1.17-TET-KR-00001) Támogató: NKFI
  • (2020-1.1.6-JOVO-2021-00013)
  • (FIEK-16-1-2016-0005)
  • (2020-4.1.1.-TKP2020)
  • (NKP-2018-1.2.1-NKP-2018-00005)
  • (BME FIKP-BIO)
The clonal composition of a malignant tumor strongly depends on cellular dynamics influenced by the asynchronized loss of DNA repair mechanisms. Here, our aim was to identify founder mutations leading to subsequent boosts in mutation load. The overall mutation burden in 591 colorectal cancer tumors was analyzed, including the mutation status of DNA-repair genes. The number of mutations was first determined across all patients and the proportion of genes having mutation in each percentile was ranked. Early mutations in DNA repair genes preceding a mutational expansion were designated as founder mutations. Survival analysis for gene expression was performed using microarray data with available relapse-free survival. Of the 180 genes involved in DNA repair, the top five founder mutations were in PRKDC (n = 31), ATM (n = 26), POLE (n = 18), SRCAP (n = 18), and BRCA2 (n = 15). PRKDC expression was 6.4-fold higher in tumors compared to normal samples, and higher expression led to longer relapse-free survival in 1211 patients (HR = 0.72, p = 4.4 × 10−3). In an experimental setting, the mutational load resulting from UV radiation combined with inhibition of PRKDC was analyzed. Upon treatments, the mutational load exposed a significant two-fold increase. Our results suggest PRKDC as a new key gene driving tumor heterogeneity.
Hivatkozás stílusok: IEEEACMAPAChicagoHarvardCSLMásolásNyomtatás
2025-01-22 21:38