Critical assessment of protein intrinsic disorder prediction

Necci, M.; Piovesan, D.; Hoque, M.T.; Walsh, I.; Iqbal, S.; Vendruscolo, M.; Sormanni, P.; Wang, C.; Raimondi, D.; Sharma, R.; Zhou, Y.; Litfin, T.; Galzitskaya, O.V.; Lobanov, M.Y.; Vranken, W.; Wallner, B.; Mirabello, C.; Malhis, N.; Dosztányi, Z. [Dosztányi, Zsuzsanna (Fehérje szerkezet...), szerző] Biokémiai Tanszék (ELTE / TTK / Bio_I); Erdős, G. [Erdős, Gábor (Molekuláris biológia), szerző] MTA-ELTE Lendület Bioinformatika Kutatócsoport (ELTE / TTK / Bio_I / Biokem_Tsz); Mészáros, B.; Gao, J.; Wang, K.; Hu, G.; Wu, Z.; Sharma, A.; Hanson, J.; Paliwal, K.; Callebaut, I.; Bitard-Feildel, T.; Orlando, G.; Peng, Z.; Xu, J.; Wang, S.; Jones, D.T.; Cozzetto, D.; Meng, F.; Yan, J.; Gsponer, J.; Cheng, J.; Wu, T.; Kurgan, L.; Promponas, V.J.; Tamana, S.; Marino-Buslje, C.; Martínez-Pérez, E.; Chasapi, A.; Ouzounis, C.; Dunker, A.K.; Kajava, A.V.; Leclercq, J.Y.; Aykac-Fas, B.; Lambrughi, M.; Maiani, E.; Papaleo, E.; Chemes, L.B.; Álvarez, L.; González-Foutel, N.S.; Iglesias, V.; Pujols, J.; Ventura, S.; Palopoli, N.; Benítez, G.I.; Parisi, G.; Bassot, C.; Elofsson, A.; Govindarajan, S.; Lamb, J.; Salvatore, M.; Hatos, A. [Hatos, András (Bioinformatika), szerző]; Monzon, A.M.; Bevilacqua, M.; Mičetić, I.; Minervini, G.; Paladin, L.; Quaglia, F.; Leonardi, E.; Davey, N.; Horvath, T. [Horváth, Tamás (Enzimológia, Tomp...), szerző] Enzimológiai Intézet (TTK); Kovacs, O.P.; Murvai, N. [Murvai, Nikoletta (Molekuláris biológia), szerző] Enzimológiai Intézet (TTK); Pancsa, R. [Pancsa, Rita (Biológia), szerző] Enzimológiai Intézet (TTK); Schad, E. [Schád, Éva (Szerkezeti biológia), szerző] Enzimológiai Intézet (TTK); Szabo, B. [Szabó, Beáta (Molekuláris biológia), szerző] Enzimológiai Intézet (TTK); Tantos, A. [Tantos, Ágnes (Molekuláris Biológia), szerző] Enzimológiai Intézet (TTK); Macedo-Ribeiro, S.; Manso, J.A.; Pereira, P.J.B.; Davidović, R.; Veljkovic, N.; Hajdu-Soltész, B.; Pajkos, M.; Szaniszló, T. [Szaniszló, Tamás (biológus), szerző]; Guharoy, M.; Lazar, T.; Macossay-Castillo, M.; Tompa, P. [Tompa, Péter (Enzimológia), szerző] Enzimológiai Intézet (TTK); Tosatto, S.C.E. ✉; CAID Predictors [Kollaborációs szervezet]; DisProt Curators [Kollaborációs szervezet]

Angol nyelvű Sokszerzős vagy csoportos szerzőségű szakcikk (Folyóiratcikk) Tudományos
Megjelent: NATURE METHODS 1548-7091 1548-7105 18 (5) pp. 472-481 2021
  • SJR Scopus - Biochemistry: D1
Azonosítók
Szakterületek:
  • Biológiai tudományok
Intrinsically disordered proteins, defying the traditional protein structure–function paradigm, are a challenge to study experimentally. Because a large part of our knowledge rests on computational predictions, it is crucial that their accuracy is high. The Critical Assessment of protein Intrinsic Disorder prediction (CAID) experiment was established as a community-based blind test to determine the state of the art in prediction of intrinsically disordered regions and the subset of residues involved in binding. A total of 43 methods were evaluated on a dataset of 646 proteins from DisProt. The best methods use deep learning techniques and notably outperform physicochemical methods. The top disorder predictor has Fmax = 0.483 on the full dataset and Fmax = 0.792 following filtering out of bona fide structured regions. Disordered binding regions remain hard to predict, with Fmax = 0.231. Interestingly, computing times among methods can vary by up to four orders of magnitude. © 2021, The Author(s), under exclusive licence to Springer Nature America, Inc.
Hivatkozás stílusok: IEEEACMAPAChicagoHarvardCSLMásolásNyomtatás
2026-04-20 01:48